肛瘘治疗费用通常在5000元至30000元之间，具体金额受病情复杂程度、手术方式、医院等级及地区经济水平影响。
单纯性低位肛瘘手术费用较低，约5000元至10000元，多采用传统切开术或挂线术，局部麻醉即可完成，术后恢复较快。而高位复杂性肛瘘因瘘管深、分支多，需精细操作或联合括约肌保留技术，费用可达15000元至25000元，若需全身麻醉则增加2000元至3000元。
费用构成包括手术费、麻醉费、住院费（3-7天，每日300元至2000元）、药物费（抗生素、止痛药约500元至2000元）及术后护理费（换药、复查每次100元至300元）。一线城市三甲医院因设备先进、医生经验丰富，费用较基层医院高20%-30%。医保可报销部分费用（职工医保50%-80%，居民医保40%-70%），建议优先选择医保定点医院以减轻经济负担。
