基孔肯雅热并发症包括关节并发症、神经系统并发症、心血管系统并发症等，需要根据具体类型治疗。
1.关节并发症
疼痛明显时，遵医嘱使用非甾体抗炎药，如布洛芬，减轻炎症与疼痛；也可短期应用糖皮质激素，但要注意副作用。物理治疗也必不可少，热敷能促进血液循环，缓解肌肉紧张，冷敷可减轻肿胀疼痛。病情稳定后，进行关节康复训练，如关节活动度训练，防止关节僵硬。
2.神经系统并发症
若出现头痛、头晕，遵医嘱用止痛、止晕药缓解，例如对乙酰氨基酚、盐酸氟桂利嗪胶囊等。癫痫发作时，遵医嘱使用苯妥英钠、丙戊酸钠等药物治疗。患者要保证充足休息与营养，维持水电解质平衡，病情重者需住院密切观察护理。
3.心血管系统并发症
密切监测心率、血压等指标，心律失常者遵医嘱使用抗心律失常药，如普鲁卡因、普萘洛尔等。让患者卧床休息，减少心脏负担，同时积极治疗高血压、糖尿病等基础疾病，改善心血管状况。
