如果囊肿较小，对卵巢功能影响不大，盆腔环境改变不明显，怀孕的几率相对较高。研究表明，轻度单侧巧克力囊肿患者在未经过特殊治疗的情况下，自然受孕率可能接近正常人群，但仍会低于无巧克力囊肿的女性。当囊肿较大时，会明显影响卵巢功能，破坏卵子的正常排出，同时盆腔内的炎症等改变会严重干扰受精和着床过程，此时怀孕的几率会显著降低。一般来说，中重度单侧巧克力囊肿患者自然受孕难度较大。
单侧巧克力囊肿患者计划怀孕时，应及时到医院进行详细评估，包括妇科检查、超声检查、卵巢功能检查等，以明确囊肿的大小、对卵巢功能的影响程度等情况。对于囊肿较小、有生育需求的患者，可以先尝试保守治疗，如在医生指导下使用药物来抑制子宫内膜异位症的进展，但药物治疗需严格遵循医嘱，并且要密切监测病情变化。如果囊肿较大或保守治疗效果不佳，可能需要考虑手术治疗。手术方式包括腹腔镜下囊肿剔除术等。手术可以去除囊肿，改善盆腔环境，但术后需要一定时间恢复，并且术后仍有复发的可能，复发后再次影响怀孕的几率。
在备孕过程中，要监测排卵情况，可通过基础体温测定、排卵试纸检测或超声监测卵泡发育等方法，在医生指导下适时安排同房，以增加受孕机会。
