肾萎缩的病因包括先天性因素和后天性因素，先天性因素主要是肾脏发育不良；后天性因素有缺血性因素如肾动脉狭窄、休克，梗阻性因素如尿路结石、前列腺增生，感染性因素如慢性肾盂肾炎，自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮性肾炎、过敏性紫癜性肾炎，代谢性疾病如糖尿病肾病、高血压性肾损害等，不同病因可影响不同人群。
一、先天性因素
肾脏发育不良：在胚胎发育时期，肾脏的正常发育出现异常，导致肾脏体积较正常明显缩小。这种情况可能与遗传因素等有关，胎儿在母体内肾脏发育过程中，基因异常等原因影响了肾脏的正常结构和形态形成，从而出生后就存在肾萎缩情况，在儿童群体中可能更易发现此类因先天发育不良导致的肾萎缩。
二、后天性因素
（一）缺血性因素
肾动脉狭窄：各种原因引起肾动脉主干或分支狭窄，导致肾脏血液灌注不足。例如动脉粥样硬化是常见原因，多见于中老年人，动脉壁上脂质沉积等使血管腔变窄，肾脏长期缺血后会逐渐萎缩；多发性大动脉炎也可累及肾动脉，青年女性相对更易患此病，炎症导致肾动脉狭窄，进而影响肾脏血供引发肾萎缩。
休克：严重的休克状态，如失血性休克、感染性休克等，会使肾脏长时间灌注不足，肾脏细胞缺血缺氧，长期如此可导致肾萎缩。例如大量失血后未及时纠正，肾脏得不到足够血液供应，肾小管等结构功能受损，肾脏逐渐萎缩，这种情况在外伤大量失血患者或严重感染导致休克的患者中可能出现。
（二）梗阻性因素
尿路结石：肾结石、输尿管结石等尿路结石可引起尿路梗阻，尿液排出受阻，导致肾盂积水，进而压迫肾实质，使肾脏组织逐渐萎缩。不同年龄段都可能发生尿路结石，年轻人可能与饮食习惯、代谢等有关，老年人可能与尿路黏膜退变等因素相关，长期尿路梗阻会逐步造成肾萎缩，在儿童中如果存在先天性尿路畸形导致结石形成也可引发此情况。
前列腺增生：多见于中老年男性，前列腺增生导致尿道梗阻，尿液排出不畅，膀胱内压力升高，尿液反流至肾脏，引起肾积水，长期肾积水会使肾脏实质受压萎缩。随着年龄增长，前列腺增生的发生率逐渐升高，这也是中老年男性肾萎缩的常见原因之一。
（三）感染性因素
慢性肾盂肾炎：反复发作的慢性肾盂肾炎会破坏肾脏组织，引起肾脏纤维化，导致肾萎缩。多见于女性，因为女性尿道短宽，容易发生泌尿系统感染，若急性肾盂肾炎未彻底治愈，反复发作转为慢性，就会逐渐损害肾脏结构和功能，使肾脏萎缩，儿童时期如果有泌尿系统感染未规范治疗也可能埋下隐患，成年后发展为慢性肾盂肾炎进而肾萎缩。
（四）自身免疫性疾病
系统性红斑狼疮性肾炎：系统性红斑狼疮是一种自身免疫性疾病，可累及肾脏，引起狼疮性肾炎，病情迁延不愈可导致肾萎缩。多见于育龄期女性，自身免疫系统错误地攻击肾脏组织，造成肾脏炎症、损伤，长期发展会使肾脏萎缩，儿童患系统性红斑狼疮相对较少，但一旦发病也需重视对肾脏的影响。
过敏性紫癜性肾炎：过敏性紫癜患者如果累及肾脏，出现过敏性紫癜性肾炎，病情较重或反复复发时可能导致肾萎缩。儿童及青少年多见，往往在出现皮肤紫癜等表现后，肾脏受累，若治疗不及时或病情控制不佳，肾脏逐渐受损萎缩。
（五）代谢性疾病
糖尿病肾病：糖尿病患者长期血糖控制不佳，可引起肾脏微血管病变，导致糖尿病肾病，晚期会出现肾萎缩。随着糖尿病患病率的上升，糖尿病肾病导致的肾萎缩患者数量也在增加，各年龄段糖尿病患者都可能发生，儿童糖尿病相对少见，但一旦发生糖尿病肾病也需关注肾脏情况，长期高血糖损害肾脏血管和肾小球等结构，最终导致肾萎缩。
高血压性肾损害：长期高血压会使肾脏小动脉硬化，肾脏缺血，肾小球纤维化、肾小管萎缩，进而引起肾萎缩。中老年人高血压患者较多见，血压长期控制不理想，就会逐步损伤肾脏，导致肾萎缩，年轻人如果有原发性高血压且未良好控制，也可能逐渐出现肾损害致肾萎缩。
