卵巢囊肿的成因包括生理性因素和病理性因素及其他因素。生理性因素有卵泡囊肿（排卵后未正常破裂持续生长，多小于5厘米，月经周期后可自行消失）和黄体囊肿（黄体血肿液化持续存在超3厘米，孕期也可出现，与黄体生理变化及激素水平波动有关）；病理性因素有子宫内膜异位囊肿（子宫内膜组织异位卵巢反复出血形成，好发30-40岁育龄女性，与内分泌、免疫等有关）、浆液性囊腺瘤（常见卵巢良性肿瘤，与卵巢上皮细胞异常增生有关，可能与炎症刺激、遗传易感性等相关）、粘液性囊腺瘤（常见卵巢良性肿瘤，由卵巢上皮细胞分泌粘液增多积聚形成，好发30-50岁女性，与上皮细胞功能异常及遗传因素有关）、卵巢畸胎瘤（生殖细胞异常分化引起，含多种组织成分，多见于年轻女性，与生殖细胞胚胎发育异常分化有关）；其他因素有炎症因素（盆腔炎症波及卵巢致粘连形成囊肿，常见于有盆腔感染病史者）、内分泌因素（长期内分泌失调，如雌激素过高，增加风险，多囊卵巢综合征患者易伴发）、遗传因素（部分卵巢囊肿具遗传倾向性，家族有相关遗传病史人群风险高，如遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征）。
一、生理性因素
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵巢在排卵后会形成黄体，若卵泡未正常破裂排卵，持续生长就可能形成卵泡囊肿，常见于育龄女性，一般直径多小于5厘米，多数可在月经周期后自行消失，这与女性正常的生殖周期中卵泡的发育、排卵及黄体形成过程相关。
（二）黄体囊肿
在黄体形成过程中，若黄体血肿液化持续存在，直径超过3厘米就称为黄体囊肿。部分女性在孕期也可能出现黄体囊肿，一般与黄体的正常生理变化及激素水平波动有关，多见于有正常月经周期或处于妊娠期的女性。
二、病理性因素
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.发病机制
子宫内膜组织出现在卵巢上，随着月经周期反复出血，形成囊肿，囊内含有类似巧克力样的暗褐色粘稠液体。这与子宫内膜异位症的发病相关，子宫内膜组织可通过经血逆流等途径种植到卵巢等部位，好发于30-40岁的育龄女性，与女性的内分泌因素、免疫因素等有关，内分泌紊乱可能影响子宫内膜组织的种植和生长。
（二）浆液性囊腺瘤
1.发病机制
是一种常见的卵巢良性肿瘤，可能与卵巢上皮细胞的异常增生有关，具体机制尚不完全明确，但多见于中青年女性，其发生发展可能与长期的炎症刺激、遗传易感性等因素相关，炎症刺激可能导致卵巢上皮细胞的异常分化和增殖。
（三）粘液性囊腺瘤
1.发病机制
也是常见的卵巢良性肿瘤，由卵巢上皮细胞分泌粘液增多积聚形成囊肿，好发于30-50岁女性，病因可能与卵巢的上皮细胞功能异常有关，上皮细胞分泌粘液的调控机制出现问题时可能导致粘液性囊腺瘤的形成，同时遗传因素也可能在其发病中起到一定作用。
（四）卵巢畸胎瘤
1.发病机制
由生殖细胞异常分化引起，瘤体内含有毛发、油脂、牙齿等多种组织成分，可分为成熟畸胎瘤（良性）和未成熟畸胎瘤（恶性），多见于年轻女性，其发生与生殖细胞在胚胎发育过程中的异常分化有关，具体是生殖细胞在迁移过程中出现差错，导致异常分化形成畸胎瘤。
三、其他因素
（一）炎症因素
盆腔炎症如输卵管炎波及卵巢，可导致卵巢组织粘连形成囊肿，常见于有盆腔感染病史的女性，炎症引起的组织充血、水肿、渗出等病理改变，长期刺激卵巢可能促使囊肿形成。
（二）内分泌因素
长期的内分泌失调，如体内雌激素水平过高，可能影响卵巢的正常代谢和组织功能，从而增加卵巢囊肿的发生风险，例如一些患有内分泌疾病（如多囊卵巢综合征）的女性，往往伴有卵巢囊肿的高发，多囊卵巢综合征患者体内雄激素水平升高，同时伴有排卵障碍等，进而影响卵巢的形态和功能，导致囊肿形成等一系列表现。
（三）遗传因素
部分卵巢囊肿具有遗传倾向性，例如某些遗传性综合征相关的卵巢囊肿，家族中有相关遗传病史的人群，其发生卵巢囊肿的风险相对较高，如遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征等，遗传基因的突变可能使个体更容易出现卵巢组织的异常增生或病变，从而引发囊肿。
