儿童脑炎可由病毒、细菌、其他病原体感染引起，也受自身免疫和遗传等其他因素诱发。病毒感染中肠道病毒等可经粪-口等途径传播，不同年龄儿童易感性有别；细菌感染里肺炎链球菌等有相应感染方式，年龄与细菌感染脑炎相关；支原体、真菌等其他病原体也可致脑炎；自身免疫因素可引发如急性播散性脑脊髓炎等脑炎，遗传因素可能增加儿童患脑炎易感性。
一、病毒感染引起
1.常见病毒类型及感染途径
肠道病毒是引起儿童脑炎较常见的病毒之一，可通过粪-口途径传播，例如柯萨奇病毒、埃可病毒等。儿童如果接触了被肠道病毒污染的水源、食物等，病毒可侵入人体，然后通过血液循环到达中枢神经系统引发脑炎。
单纯疱疹病毒也是重要的致病原，可通过密切接触传播，比如直接的口唇-口唇接触等，病毒可潜伏在神经节内，当人体免疫力下降时，病毒活化并侵犯中枢神经系统导致脑炎。
腺病毒也可引起儿童脑炎，主要通过呼吸道飞沫传播，儿童在人群密集的场所，如学校、幼儿园等，容易感染腺病毒，进而可能引发脑炎。
2.不同年龄儿童的易感性
婴幼儿由于免疫系统发育尚不完善，对病毒的抵抗力较弱，相对更容易受到肠道病毒等的侵袭而引发脑炎。例如，6个月-2岁的婴幼儿是肠道病毒感染的高发年龄段，此时发生脑炎的风险相对较高。而对于单纯疱疹病毒感染，任何年龄的儿童都可能患病，但新生儿感染单纯疱疹病毒脑炎的情况也时有发生，这与新生儿免疫功能低下以及可能通过产道时接触到母体感染的病毒有关。
二、细菌感染引起
1.常见细菌及感染方式
肺炎链球菌是儿童细菌性脑炎的常见病原菌之一，可通过呼吸道感染，先引起肺炎等呼吸道疾病，然后细菌可通过血流播散至中枢神经系统。儿童尤其是2岁-5岁的儿童，呼吸道防御功能相对较弱，容易感染肺炎链球菌。
脑膜炎双球菌主要通过呼吸道飞沫传播，在冬春季节，儿童在人群密集且通风不良的环境中，如教室、集体宿舍等，容易感染脑膜炎双球菌，细菌侵入人体后，可侵犯脑膜和脑实质引发脑炎。
流感嗜血杆菌b型（Hib）也是导致儿童细菌性脑炎的重要病原体，主要通过呼吸道传播，2个月-5岁的儿童是Hib感染的高危人群，感染后可引起化脓性脑膜炎等脑炎相关疾病。
2.年龄与细菌感染脑炎的关系
新生儿时期，由于其免疫系统不成熟，且可能在分娩过程中接触到细菌等病原体，容易发生大肠杆菌等革兰阴性杆菌引起的脑炎。而学龄儿童相对来说，通过疫苗等措施对部分细菌感染有一定的预防作用，但仍不能完全排除感染的可能，例如肺炎链球菌性脑炎在学龄儿童中也时有发生。
三、其他病原体感染引起
1.支原体感染
肺炎支原体可引起儿童脑炎，支原体感染人体后，可产生多种毒素和免疫损伤物质，通过血液循环到达中枢神经系统。儿童感染肺炎支原体后，除了表现出呼吸道症状如咳嗽等，部分儿童可能出现神经系统症状，引发脑炎。一般多见于年长儿，发病机制可能与支原体感染后引起的免疫反应累及中枢神经系统有关。
2.真菌感染
新型隐球菌是常见的引起儿童真菌性脑炎的病原体，儿童感染新型隐球菌多与免疫力低下有关，例如患有免疫缺陷病的儿童，或者长期使用免疫抑制剂的儿童。新型隐球菌可通过呼吸道吸入，然后播散至中枢神经系统，引发脑炎。儿童免疫功能低下时，机体对新型隐球菌的清除能力减弱，容易导致感染的发生和脑炎的发展。
四、其他因素诱发
1.自身免疫因素
部分儿童脑炎可能与自身免疫反应有关，例如急性播散性脑脊髓炎，这是一种特发性中枢神经系统脱髓鞘疾病，可能是由于感染等因素触发了自身免疫反应，机体产生的自身抗体攻击中枢神经系统的髓鞘等结构，导致脑炎的发生。儿童在感染某些病毒后，可能诱发自身免疫性脑炎，其发病机制较为复杂，涉及体液免疫和细胞免疫的异常激活。
2.遗传因素
虽然相对较少见，但某些遗传因素可能增加儿童患脑炎的易感性。例如，某些先天性免疫缺陷的遗传疾病，使得儿童的免疫系统存在缺陷，更容易受到各种病原体的侵袭而引发脑炎。如果儿童存在相关的遗传突变等情况，其发生脑炎的风险可能高于正常儿童。例如，X-连锁无丙种球蛋白血症的患儿，由于体内缺乏B淋巴细胞，不能产生足够的抗体，对各种病原体的抵抗力极低，容易反复发生严重的感染，包括中枢神经系统的感染引发脑炎。
