扁平疣治疗方法为药物治疗、物理治疗和手术治疗。
1.药物治疗
维A酸软膏可调节表皮细胞的增殖和分化，溶解角质，使扁平疣逐渐消退；水杨酸具有角质剥脱作用，能促进表皮细胞更新；咪喹莫特可以调节局部免疫功能，刺激机体产生细胞因子，增强免疫细胞对病毒感染细胞的杀伤作用。免疫调节剂如转移因子、盐酸左旋咪唑等，可增强机体的免疫功能，帮助身体更好地抵抗人乳头瘤病毒（HPV）感染，对扁平疣的治疗有一定辅助作用。
2.物理治疗
冷冻治疗利用液氮的低温使扁平疣组织坏死、脱落。该方法操作简单，但可能需要多次治疗，治疗后局部可能出现水疱、疼痛等，一般在数天至一周内可逐渐恢复。激光治疗通过激光产生的高能量破坏扁平疣组织。治疗效果通常较好，见效快，但可能会留下轻微的疤痕，尤其是疤痕体质者需谨慎使用。电灼治疗利用高频电流产生的热量烧灼扁平疣，使其碳化脱落。术后要注意预防感染，避免伤口沾水。
3.手术治疗
对于一些较大的、其他治疗方法效果不佳的扁平疣，可考虑手术切除。手术切除能直接去除病变组织，但术后也存在感染、留疤的风险，需要做好伤口护理。
