二价、四价、九价宫颈癌疫苗在预防病毒类型、适用年龄范围、接种程序、价格和接种禁忌等方面存在区别。预防病毒类型上二价针对16和18型，四价在此基础加6和11型，九价覆盖更多亚型；适用年龄二价9-45岁、四价20-45岁、九价16-26岁；接种程序均为3剂次，时间有差异；价格九价较高、四价次之、二价较低；接种禁忌有共性禁忌，特殊情况各价型有不同需注意，特殊人群如妊娠期、哺乳期、有急性发热性疾病者接种需谨慎评估。
一、预防病毒类型方面
二价宫颈癌疫苗：主要针对高危型人乳头瘤病毒（HPV）中的16型和18型，这两种亚型是导致宫颈癌的主要亚型，约70%的宫颈癌由它们引起。
四价宫颈癌疫苗：在二价疫苗针对的16型和18型基础上，增加了6型和11型。6型和11型虽不是导致宫颈癌的主要亚型，但能引起尖锐湿疣等疾病。
九价宫颈癌疫苗：在四价疫苗的基础上，又增加了31型、33型、45型、52型和58型，覆盖的HPV亚型更多，能预防更多种类的HPV感染，包括更多导致宫颈癌的高危型以及引起尖锐湿疣的低危型。
二、适用年龄范围方面
二价宫颈癌疫苗：适用年龄为9~45岁女性。
四价宫颈癌疫苗：适用年龄是20~45岁女性。
九价宫颈癌疫苗：适用年龄为16~26岁女性。不同年龄范围的设定主要是基于疫苗临床试验数据以及人体免疫系统发育等情况，因为不同年龄段人群对疫苗的免疫应答等可能存在差异。
三、接种程序方面
二价宫颈癌疫苗：一般需要接种3剂次。第0、1、6个月各接种1剂。
四价宫颈癌疫苗：接种程序也是3剂次，第0、2、6个月各接种1剂。
九价宫颈癌疫苗：同样是3剂次接种，接种时间为第0、2、6个月各接种1剂。接种程序的设计是为了让疫苗在体内逐步激发有效的免疫应答，产生足够的抗体来抵御HPV感染。
四、价格方面
一般来说，九价宫颈癌疫苗价格相对较高，四价次之，二价相对较低。但价格会因地区、接种机构等因素有所不同。这主要是由于不同疫苗的研发成本、生产工艺复杂程度以及市场供需等多种因素导致的。
五、接种禁忌方面
共性禁忌：对疫苗成分过敏者禁忌接种；急性发热期患者应推迟接种；妊娠期女性禁忌接种，因为目前缺乏妊娠期女性接种的充分安全性数据；哺乳期女性接种需谨慎评估。
特殊情况：二价、四价、九价宫颈癌疫苗在具体禁忌上基本类似，但九价因为适用年龄更窄，对于16-26岁这个特定年龄段的女性，在接种时要特别确认自身是否处于上述共性禁忌情况。而对于二价适用的9-45岁女性，除了共性禁忌外，要根据自身实际年龄情况判断是否在适用年龄范围内，比如超过45岁就不能接种二价宫颈癌疫苗了；四价适用的20-45岁女性，也要严格按照年龄范围以及自身健康状况来判断是否可以接种。
对于特殊人群，比如妊娠期女性，由于接种宫颈癌疫苗可能对胎儿产生未知影响，所以为了母婴安全，妊娠期女性不能接种。哺乳期女性接种时，需要考虑疫苗是否会通过乳汁传递给婴儿，虽然目前相关数据显示可能影响较小，但仍需要谨慎权衡利弊，在医生充分评估后再决定是否接种。而对于有急性发热性疾病的人群，此时机体免疫力处于相对较低的状态，接种疫苗可能会加重发热等症状或者影响疫苗的免疫效果，所以需要推迟接种，待疾病康复后再根据情况评估是否可以接种相应的宫颈癌疫苗。
