胚胎停育受多种因素影响，染色体因素方面夫妻任何一方染色体数目或结构异常及女性、男性年龄增长致染色体异常均可能影响胚胎发育；母体因素包含内分泌因素中黄体功能不全、甲状腺功能异常，免疫因素中自身免疫性疾病及同种免疫异常，子宫因素中子宫解剖结构异常、子宫肌瘤、子宫内膜病变；环境因素有化学物质接触及物理因素如过多接触放射线、高温环境；生活方式因素包括吸烟饮酒及过度劳累均会增加胚胎停育风险。
染色体异常是导致胚胎停育的重要原因之一。无论是夫妻任何一方的染色体存在数目异常（如21-三体、18-三体等常见的染色体数目增多情况）还是结构异常（如染色体易位等），都可能影响胚胎的正常发育。从年龄角度来看，女性年龄越大，卵子发生染色体不分离的概率越高，胎儿染色体异常的风险也随之增加，35岁以上的孕妇胚胎染色体异常导致停育的可能性明显高于年轻孕妇。男性随着年龄增长，精子质量下降，染色体异常的概率也会升高，从而影响胚胎发育。
母体因素
内分泌因素：
黄体功能不全是常见情况，黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要，若黄体功能不全，孕酮分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致胚胎停育。例如，有研究表明，黄体期孕酮水平低于正常范围的孕妇，胚胎停育发生率显著升高。
甲状腺功能异常也会影响胚胎停育。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常发育进程；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平同样可能对胚胎造成不良影响。
免疫因素：自身免疫性疾病患者，如系统性红斑狼疮等，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎停育。另外，同种免疫异常也可能引发胚胎停育，母体对胚胎产生免疫排斥反应，使得胚胎无法在子宫内正常生长发育。
子宫因素：
子宫解剖结构异常，如子宫畸形（如单角子宫、双角子宫等），子宫腔形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。
子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，影响胚胎着床，较大的肌壁间子宫肌瘤也可能因为机械性压迫等原因导致胚胎停育。
子宫内膜病变，如子宫内膜炎、子宫内膜息肉等，会影响子宫内膜的容受性，不利于胚胎着床和发育。
环境因素
化学物质接触：孕妇长期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎，干扰胚胎的正常细胞分裂和分化过程，增加胚胎停育的风险。例如，在一些化工行业工作的孕妇，由于长期接触有害化学物质，胚胎停育的发生率明显高于普通人群。
物理因素：过多接触放射线，如在放射科工作或接受过不必要的放射性检查等，大剂量的放射线会导致胚胎细胞受损，引起染色体畸变，从而导致胚胎停育。此外，高温环境也可能对胚胎发育产生不良影响，如长期处于高温工作环境或经常洗热水澡、泡温泉时间过长等。
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟会使尼古丁等有害物质进入体内，影响胎盘的血液循环，导致胚胎缺氧；饮酒则可能通过酒精的毒性作用干扰胚胎的发育过程，增加胚胎停育的可能性。有研究显示，每天吸烟超过10支或每周饮酒超过3次的孕妇，胚胎停育的风险较不吸烟饮酒的孕妇明显升高。
过度劳累：长期过度劳累会使孕妇身体处于应激状态，内分泌失调，影响激素平衡，不利于胚胎的稳定发育，增加胚胎停育的风险。例如，一些工作压力大、长期加班的孕妇，胚胎停育的发生率相对较高。
