发烧头痛可由感染性和非感染性因素引起。感染性因素有流感病毒、普通感冒病毒等病毒感染及肺炎链球菌、脑膜炎双球菌等细菌感染；非感染性因素包括自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎）、中暑、颅脑外伤、恶性肿瘤等，不同因素引发的发烧头痛表现及相关特点各异。
流感病毒：流感病毒感染是常见原因之一，尤其在流感流行季节。流感病毒侵袭人体后，会引起全身炎症反应，导致发烧，体温可高达39℃-40℃，同时伴有头痛、肌肉酸痛、乏力等症状。例如，多项流感流行病学调查显示，感染流感病毒的患者中发烧头痛的发生率较高，研究表明约80%以上的流感患者会出现不同程度的发烧头痛表现。
普通感冒病毒：鼻病毒等普通感冒病毒感染也可引起发烧头痛，一般体温多为低热或中度发热，体温通常在37.3℃-38.5℃左右，头痛相对流感可能较轻，但也会影响患者的舒适感，儿童感染普通感冒病毒时，也常出现发烧头痛情况，且儿童的免疫系统发育尚未完善，感染后症状可能相对成人更易加重或持续时间更长。
细菌感染：
肺炎链球菌：肺炎链球菌引起的肺炎，除了有咳嗽、咳痰等呼吸道症状外，也常伴有发烧头痛，体温可升高，头痛多为全头部胀痛，严重时会影响患者的日常生活和休息。临床研究发现，肺炎患者中约60%-70%存在发烧头痛的表现，其中肺炎链球菌感染是常见病因之一。
脑膜炎双球菌：引起流行性脑脊髓膜炎，患者会出现高热，体温可迅速升高，同时伴有剧烈头痛，还可能伴有呕吐、颈项强直等症状，儿童是高发人群，由于儿童的颅骨缝尚未完全闭合等生理特点，感染脑膜炎双球菌后病情变化可能更为迅速，需高度重视。
非感染性因素
自身免疫性疾病：
系统性红斑狼疮：这是一种自身免疫性结缔组织病，患者可出现发热，多为低热或中度发热，也有部分患者为高热，同时伴有头痛，头痛的原因可能与自身免疫复合物沉积累及神经系统等有关。研究显示，约40%-60%的系统性红斑狼疮患者在病程中会出现发烧头痛的症状，且病情活动时症状可能加重。
类风湿关节炎：虽然主要累及关节，但也可出现全身症状，部分患者会有发烧情况，体温一般在38℃左右，同时伴有头痛，头痛可能与炎症反应波及全身以及疾病导致的全身代谢紊乱等因素有关。在类风湿关节炎患者中，约20%-30%会出现发烧头痛的表现。
中暑：在高温环境下暴露过久，如夏季长时间在户外劳作、运动等，人体散热困难，体温调节中枢功能紊乱，会出现发烧，体温可高达38℃以上，同时伴有头痛、头晕、口渴、多汗等症状，尤其是儿童、老年人、体弱多病者等特殊人群更易发生中暑，因为儿童的体温调节功能不完善，老年人的体温调节能力下降，体弱多病者的身体代偿能力较差。
颅脑外伤：头部受到撞击等外伤后，可能引起发烧头痛，发烧可能是由于脑组织受损后吸收热等原因，头痛则与颅脑组织的损伤、水肿等有关。例如，头部外伤患者中约30%-50%会出现不同程度的发烧头痛情况，儿童颅脑外伤后，由于其颅骨较软等特点，受伤后恢复的过程中发烧头痛的表现可能需要更密切的观察，因为儿童的病情变化相对更难早期察觉。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤患者会出现癌性发热，同时伴有头痛，例如颅内肿瘤患者，肿瘤组织可能释放致热物质或压迫脑组织等引起头痛发烧，肺癌、肝癌等远处转移至颅脑的肿瘤患者也可能出现类似表现。在肿瘤患者中，约10%-20%会出现发烧头痛的症状，具体因肿瘤的类型、分期等不同而有所差异。
