自然流产的原因包括染色体异常（父母一方异常可遗传给胚胎，孕妇年龄大概率升高）、母体因素（全身性疾病如感染、其他疾病，生殖器官异常如子宫畸形等，内分泌异常如黄体功能不全等）、免疫因素（自身免疫异常、同种免疫异常）、父亲因素（精子染色体异常随年龄增加概率升高）、环境因素（化学物质、物理因素影响胚胎发育致流产）。
影响因素：父母双方任何一方存在染色体异常都可能遗传给胚胎，导致胚胎发育异常而发生自然流产。随着孕妇年龄增加，卵子质量下降，染色体异常的概率升高，35岁以上孕妇染色体异常胎儿的发生率明显高于年轻孕妇。
母体因素
全身性疾病
感染：孕妇感染某些病原体，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎发育，导致自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，约10%-20%的妊娠会发生自然流产。
其他全身性疾病：如严重的糖尿病未控制时，高血糖环境不利于胚胎发育；甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，影响胚胎的生长发育，增加自然流产风险；严重的贫血、慢性肾炎、高血压等全身性疾病也可导致胎盘供血不足，引发自然流产。
生殖器官异常
子宫解剖结构异常：子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，子宫腔形态异常，影响胚胎着床及发育；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，可影响宫腔内环境，阻碍胚胎生长；宫腔粘连，导致宫腔容积减小，不利于胚胎种植和发育。
宫颈机能不全：多发生在妊娠中晚期，但部分宫颈机能不全的孕妇也可能在早期出现自然流产。宫颈内口松弛，在妊娠中期后，随着胎儿及羊水等的增长，宫腔压力增加，宫颈无法维持其张力而扩张，最终导致流产。
内分泌异常
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕酮分泌不足，子宫内膜分泌反应不良，影响胚胎着床和发育，导致自然流产。据统计，约有20%-25%的自然流产与黄体功能不全有关。
多囊卵巢综合征：患者体内雄激素水平升高，胰岛素抵抗等因素可影响胚胎的发育，导致自然流产发生率增加。研究表明，多囊卵巢综合征患者自然流产率较正常人群高。
高泌乳素血症：血清泌乳素水平升高可抑制卵巢功能，影响雌激素和孕激素的分泌，干扰胚胎着床和发育，导致自然流产。
免疫因素
自身免疫异常：孕妇存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等。抗磷脂综合征患者体内存在抗磷脂抗体，可引起胎盘血管血栓形成，胎盘血流灌注不足，导致胚胎发育停止而发生自然流产。系统性红斑狼疮患者体内的自身抗体也可通过多种途径影响胚胎的正常发育。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡，孕妇体内Th1/Th2细胞因子失衡，Th1型细胞因子占优势，导致母体对胚胎产生排斥反应，引发自然流产。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎处于免疫耐受状态，若这种耐受被打破，就可能发生自然流产。
父亲因素
父亲的精子染色体异常也可导致胚胎染色体异常，从而引起自然流产。随着男性年龄的增加，精子质量下降，染色体异常的概率升高，虽然男性因素导致自然流产的比例相对较低，但也是一个不可忽视的因素。
环境因素
化学物质：孕妇接触过多的有毒化学物质，如苯、甲醛、农药等，可影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。例如，长期接触苯的女性，自然流产发生率明显高于正常人群。
物理因素：孕妇长期接触辐射，如X射线、放射性物质等，可导致胚胎细胞受损，染色体畸变，引发自然流产。高温环境也可能对胚胎发育产生不良影响，如长时间处于高温工作环境的孕妇，自然流产风险增加。
