HPV感染因部位不同症状各异，皮肤黏膜部位的寻常疣好发手部等，扁平疣多见于青少年面部等，跖疣在足底；生殖器部位的尖锐湿疣通过性接触传播，好发生殖器及肛周等；呼吸道部位喉部HPV感染少见可致乳头状瘤等，不同人群感染后症状因自身情况有别。
一、皮肤黏膜部位的HPV感染症状
（一）寻常疣
多发生于儿童及青少年，好发于手部，典型表现为黄豆大小或更大的灰褐色、棕色或皮色丘疹，表面粗糙，质地坚硬，可呈乳头瘤状增生。一般无自觉症状，若发生在甲周，可影响指甲的生长，导致甲周红肿、疼痛等。其发病与HPV-2等型感染有关，皮肤外伤等因素可能增加感染风险，因为破损的皮肤更易让HPV侵入并感染角质形成细胞，促使细胞异常增殖形成疣状损害。
（二）扁平疣
多见于青少年，好发于面部、手背及前臂等部位。表现为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质硬，正常肤色或淡褐色，多骤然出现，数目较多且密集。一般无明显自觉症状，偶有瘙痒感。主要由HPV-3等型感染引起，机体免疫力低下时更易发病，比如长期熬夜、过度劳累等导致免疫力下降的人群，皮肤对HPV的抵御能力减弱，从而容易感染发病。
（三）跖疣
发生在足底，多由HPV-1型感染所致。损害初起为细小发亮的丘疹，逐渐增大至黄豆大小或更大，因受压而形成淡黄色或褐黄色胼胝样斑块或扁平丘疹，表面粗糙，界限清楚，周围绕以稍高的角质环，去除角质层后其下方有疏松的角质软芯，可见毛细血管破裂出血而形成的小黑点。患者行走时可感疼痛，尤其在受压时疼痛明显。足部多汗、穿不透气的鞋子等因素会增加跖疣的发生风险，因为潮湿温暖的环境利于HPV在足部皮肤定植和繁殖，且足部经常受压摩擦，容易造成皮肤微小破损，为HPV感染创造条件。
二、生殖器部位的HPV感染症状
（一）尖锐湿疣
主要通过性接触传播，好发于生殖器及肛门周围等部位。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，颜色可为红色、污灰色或正常皮色。病变较轻时可能无明显症状，随着病情进展，可出现局部异物感、疼痛、瘙痒、性交不适或出血等症状。女性多见于大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛门周围；男性多见于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部、会阴，同性恋者多见于肛门及直肠内。HPV的多种亚型如HPV-6、HPV-11等与尖锐湿疣关系密切，性行为活跃是重要的危险因素，多个性伴侣、不洁性行为等会显著增加感染尖锐湿疣的几率，因为性接触过程中病毒容易在生殖器部位的皮肤黏膜接触传播。
三、呼吸道部位的HPV感染症状
喉部HPV感染相对少见，可引起喉部乳头状瘤。多见于婴幼儿，常表现为声音嘶哑、呼吸困难、喘鸣等症状，严重时可导致气道梗阻。HPV-6、HPV-11等亚型可引起喉部乳头状瘤，可能是通过接触污染的物品或在分娩过程中经产道感染，婴幼儿免疫系统发育尚不完善，对HPV的抵御能力较弱，若母亲有生殖道HPV感染，分娩时婴儿经过产道就有可能感染喉部等部位。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群感染HPV后症状可能有所不同。例如，女性由于生殖道解剖结构特点，生殖器部位HPV感染相对更易被自身察觉或通过妇科检查发现；男性感染生殖器部位HPV后可能因症状不明显而被忽视。有免疫缺陷病史的人群，如艾滋病患者等，感染HPV后症状可能更严重且难以清除，因为其自身免疫系统无法有效对抗HPV的感染和增殖。而健康人群、生活方式良好、免疫力正常的人感染HPV后，部分可依靠自身免疫力清除病毒，症状可能较轻或不明显。
