并无跖疣外用抗病毒药水，但是有一些药膏，比如咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏、氟尿嘧啶软膏等，这些药膏应严格遵医嘱使用。
1.咪喹莫特乳膏
虽非直接杀灭病毒，但能激活局部免疫细胞，诱导产生抗病毒因子，间接清除跖疣病毒。每周使用3次（如周一、三、五），睡前涂抹于疣体，次日清晨洗净，疗程一般为12-16周，避免涂抹于正常皮肤，以防刺激。
2.酞丁安乳膏
可抑制病毒DNA聚合酶，阻止病毒繁殖，对跖疣相关的人乳头瘤病毒有抑制作用。每日2-3次涂抹于疣体，薄薄一层即可，疗程约6-8周，若疣体较大，可先温水浸泡软化角质后再用药，提升吸收效果。
3.氟尿嘧啶软膏
通过干扰病毒核酸合成发挥作用，同时能破坏疣体组织，适用于较顽固的跖疣。每日1-2次涂抹于疣体，注意避开周围正常皮肤（可贴胶布保护），疗程4-6周，少数人可能出现局部色素沉着，停药后可逐渐消退。
