临床并无数据显示什么方法治疗跖疣最佳，治疗跖疣需结合疣体特征与患者耐受性选择，常见方法有液氮冷冻、激光治疗、电灼治疗、药物治疗、药物治疗等。
1.液氮冷冻
通过-196℃低温破坏疣体组织，适用于直径小于10毫米的孤立疣体，需重复2-4次，间隔2-3周，操作简便且不易留疤，但深部疣体需配合其他治疗。
2.激光治疗
二氧化碳激光精准汽化疣体，适合多发或较大疣体，单次治愈率高，但可能遗留色素沉着，糖尿病患者慎用。
3.电灼治疗
通过高频电流烧灼疣体，需局部麻醉，适合体积较大的疣体，术后需包扎护理。
4.药物治疗
外用药物，如水杨酸软膏软化角质，氟尿嘧啶软膏抑制病毒复制，咪喹莫特乳膏激活局部免疫反应，需持续使用数周至数月。皮损内注射如盐酸平阳霉素，直接注射于疣体根部，效果较好。
5.手术治疗
对巨大疣体或药物治疗无效者，可采用手术切除或电灼术，但创面较大，可能影响行走，且存在复发风险，通常作为最后选择。
