在临床上没有表明扁平疣最有效的外用药。扁平疣药物有维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、水杨酸软膏、氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶等。
1、维A酸乳膏
维A酸乳膏通过调节表皮细胞分化、抑制角质形成细胞增殖，促进疣体消退。适用于数量较少、体积较小的扁平疣，尤其对早期皮损效果显著。使用时需避光（建议夜间涂抹），可能出现局部脱屑或红斑，妊娠期及哺乳期女性禁用，湿疹患者需谨慎使用。
2、咪喹莫特乳膏
咪喹莫特乳膏作为免疫调节剂，通过刺激局部产生干扰素等细胞因子，激活免疫反应清除HPV病毒。适用于顽固性扁平疣，需隔日睡前涂抹。
3、水杨酸软膏
水杨酸软膏通过角质剥脱作用促使疣体脱落，适合角质增厚型扁平疣。浓度通常选择10%-20%，使用前需温水浸泡患处软化角质，涂药后可覆盖保鲜膜增强渗透。可能出现皮肤干燥脱屑，糖尿病患者慎用，破损皮肤禁用，需持续使用4-8周。
4、氟尿嘧啶软膏
氟尿嘧啶软膏通过抑制病毒DNA合成阻止疣体生长，对多发融合性疣体效果较好，需精确点涂避免损伤周围皮肤，可能出现色素沉着或溃疡。治疗期间需定期复查血常规，孕妇绝对禁用，面部使用需严格控制浓度。
5、干扰素凝胶
干扰素凝胶具有直接抗病毒和免疫增强作用，适用于反复发作或大面积扁平疣。其可能出现流感样症状（如低热、乏力），需冷藏保存。自身免疫性疾病患者慎用，用药期间需监测血常规，建议配合冷冻或激光治疗提高疗效。
若疣体突然增多、增大、出血或颜色改变，或经2-3个月规范治疗无效，需及时复诊调整方案。孕妇、哺乳期女性、儿童及合并糖尿病、免疫缺陷等基础疾病者，用药前需提前告知医生评估风险。
