鼻窦囊肿通常无须手术治疗，多数可通过药物控制或观察处理。
对于体积较小、未引起鼻塞、头痛或视力障碍等症状的囊肿，医生常建议定期复查鼻窦CT，配合鼻腔冲洗以及遵医嘱使用地塞米松、布地奈德等药物控制炎症。部分患者可能因过敏或感染导致囊肿增大，此时可短期口服抗生素如阿莫西林克拉维酸钾等可以缓解症状。
只有当囊肿持续增大压迫周围结构，导致反复鼻窦炎、面部疼痛、眼球突出或视力下降时，才需评估手术必要性。功能性内镜鼻窦手术是首选术式，通过微创方式开放窦口并切除囊肿。极少数情况下，如果囊肿破坏颅底骨质或侵入颅内，则需联合神经外科行扩大切除术。术后需定期随访防止复发，并积极治疗过敏性鼻炎等基础疾病。
