卵巢囊肿的成因包括生理性和病理性因素。生理性因素有卵泡囊肿（月经周期中卵泡未正常排卵持续增大形成，多在几个月经周期后自行消失）和黄体囊肿（排卵后黄体期出血致黄体腔内液体增多增大，部分可在下次月经后自行缩小或消失）；病理性因素包括子宫内膜异位囊肿（子宫内膜组织在卵巢上反复出血形成，与宫腔操作史等有关，影响生育且致痛经进行性加重等）、炎症相关囊肿（盆腔炎症波及卵巢致炎性囊肿形成）、肿瘤性囊肿（上皮性肿瘤有良恶性且与遗传等因素有关，生殖细胞肿瘤中成熟畸胎瘤为良性、未成熟畸胎瘤为恶性）、其他内分泌因素相关囊肿（多囊卵巢综合征致卵巢多小卵泡发育难排卵形成囊肿样改变，伴月经不调等表现；高泌乳素血症影响卵巢排卵功能致囊肿样改变，伴月经紊乱等症状）。
一、生理性因素
（一）卵泡囊肿
女性的卵巢在每个月经周期都会有卵泡发育，一般优势卵泡会排卵。但有时卵泡没有正常排卵，持续增大就形成卵泡囊肿，这是比较常见的生理性卵巢囊肿情况，多见于生育年龄的女性，和正常的月经周期相关，通常在几个月经周期后可能自行消失。
（二）黄体囊肿
排卵后卵泡壁会形成黄体，正常情况下黄体是会随着月经周期变化而消退的。但如果黄体期出血，黄体腔内液体增多，黄体就会增大形成黄体囊肿。一般也多发生在有正常月经周期的女性身上，部分黄体囊肿也可能在下次月经后自行缩小或消失。
二、病理性因素
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.发病机制
子宫内膜组织出现在卵巢上，随着月经周期反复出血，形成囊肿，囊内含有类似巧克力样的陈旧血性液体。这种情况在有过宫腔操作史（如人工流产、清宫等）、有经期剧烈运动等情况的女性中相对更易发生，并且常见于育龄期女性，会影响女性的生育功能，还可能导致痛经进行性加重等症状。
2.炎症相关
盆腔炎症可能波及卵巢，引起卵巢组织粘连、包裹，导致炎性囊肿形成。比如女性有盆腔感染病史，如盆腔炎性疾病未得到彻底治疗，炎症累及卵巢，就可能使卵巢出现炎性囊肿。
（二）肿瘤性囊肿
1.上皮性肿瘤
卵巢表面的上皮细胞发生异常增生形成肿瘤性囊肿，其中包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等良性肿瘤，以及浆液性囊腺癌、黏液性囊腺癌等恶性肿瘤。这类肿瘤的发生可能与遗传因素有一定关系，有卵巢癌家族史的人群发病风险相对较高，同时也与长期的环境因素、内分泌因素等有关，好发于各个年龄段的女性，但在不同年龄段的发病特点有所不同，如年轻女性相对更易出现良性上皮性肿瘤，而中老年女性恶性上皮性肿瘤的风险增加。
2.生殖细胞肿瘤
来源于生殖细胞的肿瘤，如成熟畸胎瘤（皮样囊肿），是比较常见的良性生殖细胞肿瘤，可发生在任何年龄，以育龄期女性多见；而未成熟畸胎瘤则属于恶性生殖细胞肿瘤，相对较少见，多见于年轻女性。
（三）其他内分泌因素相关
1.多囊卵巢综合征
患者体内内分泌紊乱，雄激素水平升高，促性腺激素比例失调等，会导致卵巢出现多个小卵泡发育，但难以正常排卵，进而形成多囊卵巢综合征相关的卵巢囊肿样改变。这类患者通常有月经不调、不孕、多毛、肥胖等表现，常见于育龄期女性，其发病与遗传易感性以及环境因素如饮食结构不合理、缺乏运动等有关。
2.高泌乳素血症
当体内泌乳素水平异常升高时，可能影响卵巢的正常排卵功能，导致卵巢出现囊肿样改变。高泌乳素血症可能由垂体疾病等多种原因引起，各个年龄段的女性都可能发生，会出现月经紊乱、泌乳等症状，进而影响卵巢的正常生理功能。
