紧急避孕药有常见副作用如月经紊乱（因影响内分泌致周期等改变，有基础内分泌疾病女性更明显）、胃肠道反应（因刺激胃肠黏膜致恶心呕吐等，有胃肠道疾病史者反应加重）、类早孕反应（因激素成分致头晕乏力等，体质弱女性更明显），还可能有乳房胀痛、情绪变化等，哺乳期女性慎用因药物可通过乳汁影响婴儿，肝肾功能不全女性使用前应咨询医生评估风险。
常见副作用之一：月经紊乱
表现及机制：紧急避孕药会影响女性的内分泌系统，导致月经周期改变。可能出现月经提前、推迟或经量的变化。例如，部分女性服用后可能出现短时间内月经提前来潮，这是因为药物干扰了正常的激素水平，打乱了原本的月经节律。从内分泌角度看，紧急避孕药主要通过影响孕激素和雌激素的分泌来发挥避孕作用，而这种外源性激素的干预容易打破体内原有的激素平衡，进而引发月经紊乱。
不同人群差异：对于有基础内分泌疾病的女性，如多囊卵巢综合征患者，服用紧急避孕药后月经紊乱的情况可能更为明显且恢复时间更长。因为这类患者本身内分泌调节就存在问题，外源性激素的干扰会进一步加重紊乱程度。而年轻女性相对来说内分泌调节功能较强，但也可能出现短期的月经不规律情况。
常见副作用之二：胃肠道反应
表现及机制：部分人服用紧急避孕药后会出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状。这是由于药物对胃肠道黏膜有一定刺激作用，影响了胃肠道的正常消化功能。例如，药物进入人体后，可能会刺激胃肠道平滑肌，导致胃肠蠕动异常，从而引发恶心、呕吐等反应。一般来说，空腹服用紧急避孕药时胃肠道反应相对更明显，因为没有食物的缓冲作用。
不同人群差异：有胃肠道疾病史的人群，如慢性胃炎患者，服用紧急避孕药后胃肠道反应可能会加重。慢性胃炎患者的胃黏膜本身处于相对敏感或受损状态，药物的刺激更容易引发较强烈的恶心、呕吐等症状。而平时胃肠道功能较好的人群，可能仅出现轻微的胃肠道不适，如轻度恶心，通常可自行缓解。
常见副作用之三：类早孕反应
表现及机制：类似怀孕早期的一些症状，如头晕、乏力等。这是因为紧急避孕药中的激素成分对人体产生了类似早孕时激素变化的影响。药物中的雌激素可能会使体内水钠潴留，同时影响神经系统的调节，从而导致头晕、乏力等类早孕反应。一般在服药后的短时间内出现，随着身体对药物的适应，症状可能会逐渐减轻。
不同人群差异：对于体质较弱、平时容易疲劳的女性，类早孕反应可能更为明显。这类女性本身身体的耐受能力相对较差，药物引起的激素变化对其神经系统等的影响更易显现出头晕、乏力等症状。而体质较好的女性，可能类早孕反应较轻，甚至不明显。
其他可能副作用
乳房胀痛：紧急避孕药中的激素会影响乳腺组织，导致乳房胀痛。激素水平的波动会使乳腺小叶增生，从而引起乳房胀痛感。这种情况一般在服药后一段时间内出现，有的女性胀痛症状较轻，可自行缓解，而有的女性胀痛可能较为明显。
情绪变化：部分女性服用紧急避孕药后可能出现情绪波动，如焦虑、抑郁等。这与药物对神经系统的影响有关，激素的改变会干扰神经递质的平衡，进而影响情绪状态。对于本身有情绪相关疾病史，如抑郁症病史的女性，服用紧急避孕药后情绪变化可能会更为显著，需要密切关注情绪变化情况。
特殊人群方面，哺乳期女性服用紧急避孕药后，药物会通过乳汁传递给婴儿，可能对婴儿产生未知影响，因此哺乳期女性应谨慎使用紧急避孕药；肝肾功能不全的女性，由于药物需要通过肝肾代谢，服用紧急避孕药可能会加重肝肾负担，影响肝肾功能，所以这类女性在使用紧急避孕药前应咨询医生，评估风险后再决定是否使用。
