巧克力囊肿的治疗包括药物、手术、超声引导下介入治疗等。药物有非甾体抗炎药、避孕药、孕激素等；手术分保守性（腹腔镜、开腹）和根治性；超声引导下介入治疗创伤小。不同人群有不同考虑，有生育要求者优先保守手术，年龄大无生育要求者选合适手术，合并其他疾病者需综合评估。
一、药物治疗
（一）非甾体抗炎药
适用于轻度疼痛的患者，通过抑制环氧化酶（COX）的活性，减少前列腺素合成，从而发挥抗炎、镇痛作用。例如布洛芬等，可缓解巧克力囊肿相关的痛经等症状，但长期使用需注意胃肠道等不良反应，对于有消化道溃疡病史的患者要谨慎，需充分评估风险与获益。
（二）避孕药
长期口服避孕药可抑制排卵，使子宫内膜萎缩和异位内膜萎缩，从而缓解痛经和减少月经量。常见的有复方短效口服避孕药，但其可能存在一些副作用，如类早孕反应、体重增加、血栓形成风险等，有吸烟、肥胖、有静脉血栓病史的女性使用时需格外谨慎，需在医生评估后使用。
（三）孕激素
如甲地孕酮、甲羟孕酮等，可使异位内膜蜕膜化和萎缩，从而控制病情。使用过程中可能出现体重增加、水钠潴留、抑郁等不良反应，对于有严重肝肾功能不全的患者不适用，用药期间需定期监测肝肾功能等指标。
二、手术治疗
（一）保守性手术
1.腹腔镜手术：是目前治疗巧克力囊肿较常用的手术方式。通过腹腔镜可以清晰地观察盆腔内情况，对囊肿进行剥除，尽量保留正常卵巢组织。适用于有生育要求的年轻患者。但术后有复发的可能，对于年龄较大、无生育要求的患者可能不是首选，术后复发风险与囊肿的大小、分期等因素有关，一般来说，囊肿越大、分期越晚，复发风险相对越高。
2.开腹手术：对于一些复杂情况，如囊肿与周围组织粘连严重、腹腔镜手术难以完成剥除的情况，可能需要开腹手术。但开腹手术创伤相对较大，恢复时间较长，术后粘连等并发症的发生几率相对腹腔镜手术可能更高，对于老年患者或身体状况较差但病情复杂的患者可能会选择开腹手术，但需综合评估患者整体情况。
（二）根治性手术
适用于年龄较大、无生育要求且病情严重、反复发作的患者，行全子宫及双侧附件切除术。该手术会导致患者永久性闭经，且对内分泌功能影响较大，需充分考虑患者的心理和生理接受程度，对于有保留卵巢功能需求的患者不适用。
三、超声引导下介入治疗
在超声引导下，将穿刺针插入囊肿内，抽出囊液，然后注入硬化剂，如无水乙醇等，使囊肿壁发生无菌性炎症，粘连闭锁，达到治疗目的。这种方法创伤相对较小，对于不能耐受手术或不愿意接受手术的患者可作为一种选择，但也存在复发的可能，复发率与囊肿的大小、硬化剂的使用剂量等因素有关，且对于一些复杂位置或与周围组织粘连紧密的囊肿可能不适用。
四、特殊人群考虑
（一）有生育要求的女性
对于有生育要求的患者，治疗时优先考虑保守性手术，尽量保留卵巢功能和生育能力，但术后需密切监测，因为巧克力囊肿术后复发可能会影响生育，需在医生指导下尽早妊娠。同时，使用药物治疗时要选择对生育影响较小的药物，如短效避孕药在计划妊娠前需停药一段时间。
（二）年龄较大无生育要求的女性
年龄较大且无生育要求的患者，可根据病情选择合适的手术方式，如根治性手术或保守性手术中尽量去除病灶。对于身体状况较差不能耐受较大手术的患者，可考虑药物保守治疗缓解症状，但需密切观察病情变化，若药物治疗效果不佳或病情进展，仍需考虑手术。
（三）合并其他疾病的患者
若患者合并有心血管疾病、糖尿病等其他基础疾病，在选择治疗方案时需综合评估。例如合并糖尿病的患者，手术前后需严格控制血糖，因为高血糖会影响伤口愈合等，药物治疗时需考虑药物对血糖等指标的影响；合并心血管疾病的患者，手术或药物治疗时需注意对心血管系统的影响，如避孕药可能增加血栓形成风险，需谨慎使用。
