乙脑由乙脑病毒引起，夏秋季通过蚊虫叮咬传播，儿童易感染，有初期、极期等阶段，实验室检查有相应特点，无特效抗病毒药，靠对症支持治疗，预防需防蚊、灭蚊和接种疫苗；流脑由脑膜炎奈瑟菌引起，冬春季通过飞沫传播，儿童尤其是6月龄-2岁婴幼儿易发病，有普通型等表现，实验室检查有其特征，需尽早用敏感抗生素治疗，预防靠接种疫苗、保持通风等。两者在病原体、流行病学、临床症状、实验室检查、治疗、预防等方面存在区别。
乙脑是由乙脑病毒引起，该病毒属于黄病毒科黄病毒属，是一种RNA病毒。乙脑病毒在蚊虫体内增殖，蚊虫叮咬人后传播病毒。
流脑是由脑膜炎奈瑟菌引起，为革兰阴性双球菌，根据其表面特异性多糖抗原的不同，可分为不同血清群，如A、B、C群等，其中A群是引起流脑流行的主要菌群。
流行病学方面
乙脑：流行有明显季节性，多在夏秋季（7-9月），主要通过蚊虫叮咬传播，猪是主要的传染源，儿童由于免疫系统发育尚不完善，相对更易感染，但近年来成人病例也有增加趋势，生活方式方面，夏季户外活动增多、居住环境周围蚊虫密度高等因素会增加感染风险。
流脑：全年均可发病，但有明显的季节性高峰，一般为11月-次年5月，3-4月为高峰。流脑主要通过飞沫传播，在人群密集、通风不良的场所易造成传播，儿童尤其是6月龄-2岁的婴幼儿发病风险相对较高，其自身免疫系统尚未完全成熟，易受脑膜炎奈瑟菌侵袭，密切接触的生活方式等因素会增加感染几率。
临床症状方面
乙脑：临床上分为初期、极期、恢复期和后遗症期。初期主要表现为发热、头痛、恶心、呕吐等非特异性症状；极期症状较重，有高热、意识障碍（如嗜睡、昏迷）、惊厥或抽搐、病理反射及脑膜刺激征等，严重者可因呼吸衰竭等致死，部分患者病后可留有神经系统后遗症，如智力减退、肢体瘫痪、失语等，儿童患者在极期症状可能更为突出，由于神经系统发育不成熟，对高热、惊厥等耐受能力差。
流脑：临床表现可分为普通型、暴发型和慢性败血症型等。普通型流脑先有上呼吸道感染症状，继而突然高热、头痛、呕吐，皮肤黏膜出现瘀点、瘀斑，脑膜刺激征阳性；暴发型病情凶险，可迅速出现休克、DIC（弥散性血管内凝血）、脑实质损害等严重表现；慢性败血症型较少见，表现为间歇性发热、皮疹、关节痛等，儿童流脑患者普通型相对多见，发病时高热等症状可能进展较快，需密切关注病情变化。
实验室检查方面
乙脑：血常规检查可见白细胞总数及中性粒细胞增高；脑脊液检查压力增高，外观清亮，白细胞数轻度增多，多在（50-500）×10/L，早期以中性粒细胞为主，后期以淋巴细胞为主，蛋白轻度增高，糖和氯化物正常；血清学检查中特异性IgM抗体在病后3-4天即可出现，2周达高峰，具有早期诊断价值。
流脑：血常规可见白细胞总数明显增高，中性粒细胞占80%-90%；脑脊液检查压力升高，外观混浊似米汤样，白细胞数明显增高，多在1×10/L以上，以中性粒细胞为主，蛋白含量增高，糖及氯化物明显减低；细菌学检查是确诊流脑的重要方法，皮肤瘀点涂片可见革兰阴性双球菌，脑脊液或血液细菌培养可检出脑膜炎奈瑟菌。
治疗方面
乙脑：目前尚无特效抗病毒药物，主要是采取对症支持治疗，如降温、止惊、降低颅内压、维持呼吸循环功能等，对于重症患者需加强护理，儿童患者在护理过程中要特别注意皮肤护理、呼吸道管理等，防止并发症发生。
流脑：一旦确诊，应尽早使用敏感抗生素，如青霉素等，及时抗菌治疗可降低病死率和后遗症发生率，儿童患者在使用抗生素时需考虑其肝肾功能发育情况，选择合适的药物及调整剂量等需谨慎，同时针对休克、DIC等并发症进行相应的治疗措施。
预防方面
乙脑：预防关键是防蚊、灭蚊，接种乙脑疫苗是有效的预防措施，儿童应按免疫程序规范接种乙脑疫苗，在夏季减少儿童不必要的户外活动，尤其是蚊虫活动频繁的时段，降低感染风险。
流脑：预防主要是接种流脑疫苗，保持室内通风良好，避免带儿童去人群密集且通风差的场所，儿童疫苗接种同样需按照免疫规划程序进行，对于密切接触流脑患者的儿童，必要时可进行药物预防，但需在医生指导下进行。
