药物治疗包括非甾体抗炎药（适用于轻度疼痛缓解但有消化道溃疡病史者需谨慎）、避孕药（可抑制排卵减少雌激素分泌对轻度巧克力囊肿患者有一定作用但长期使用有代谢影响）、孕激素（可使异位内膜蜕膜化萎缩但可能有不良反应且严重肝肾功能不全者不适用）；手术治疗有腹腔镜手术（常用创伤小恢复快适合年轻有生育要求者但术后有复发可能）和开腹手术（适用于囊肿大粘连严重或腹腔镜难完成情况创伤大恢复长）；期待治疗适用于无症状或症状较轻接近绝经年龄的患者需定期随访观察；特殊人群中育龄期女性有生育要求选对卵巢功能影响小方式并监测排卵备孕，接近绝经女性期待治疗时注意症状变化，有基础疾病患者用相关药物时需谨慎评估防止并发症。
一、药物治疗
1.非甾体抗炎药：适用于轻度疼痛的缓解，通过抑制环氧化酶（COX）的活性，减少前列腺素合成，从而减轻疼痛，但不能改变疾病的进程，常见药物如布洛芬等，其作用机制已被多项药理学研究证实，通过抑制COX-1和COX-2来发挥抗炎镇痛作用，不过对于有消化道溃疡等病史的患者需谨慎使用，因为可能增加消化道出血风险。
2.避孕药：可抑制排卵，减少雌激素分泌，使异位的子宫内膜萎缩，对轻度巧克力囊肿患者有一定的治疗作用，例如复方短效口服避孕药，其作用原理是通过反馈调节抑制下丘脑-垂体-卵巢轴，减少雌激素的合成与分泌，从而影响子宫内膜的生长环境，进而控制巧克力囊肿的发展，但长期使用可能会有一些代谢方面的影响，如体重增加等，有肝脏疾病等情况的患者要权衡利弊。
3.孕激素：如甲地孕酮等，可使异位内膜蜕膜化并萎缩，从而达到治疗巧克力囊肿的目的，其作用是通过与孕激素受体结合，影响子宫内膜的分化和发育，抑制异位内膜的生长，但可能会引起乳房胀痛、不规则阴道出血等不良反应，对于有严重肝肾功能不全的患者不适用。
二、手术治疗
1.腹腔镜手术：是治疗巧克力囊肿的常用手术方式，具有创伤小、恢复快等优点。通过腹腔镜可以清晰地观察盆腔内的情况，准确地切除囊肿，同时尽量保留正常的卵巢组织，其手术原理是利用腹腔镜的器械将囊肿剥除，对于年轻有生育要求的患者较为适合，大量临床研究表明，腹腔镜手术在清除病灶方面效果确切，并且对卵巢功能的影响相对较小，但术后有复发的可能，一般术后复发率在一定范围内，具体与患者的个体情况等有关。
2.开腹手术：适用于囊肿较大、粘连严重或者腹腔镜手术难以完成的情况。开腹手术可以更直观地进行操作，彻底清除病灶，但创伤相对较大，恢复时间较长。对于一些病情复杂，如合并有其他严重盆腔病变的患者可能需要选择开腹手术，不过开腹手术会给患者带来较大的创伤，术后疼痛等不适相对腹腔镜手术更明显，术后恢复需要更多的时间和护理。
三、期待治疗
1.适用于无症状或症状较轻、接近绝经年龄的患者：对于接近绝经年龄的女性，由于绝经后雌激素水平下降，异位的子宫内膜可能会逐渐萎缩，所以可以采取定期随访观察的方法，每3-6个月进行一次妇科检查、B超等检查，监测囊肿的大小变化以及患者的症状情况。在观察过程中，如果患者出现疼痛等症状加重的情况，则需要及时调整治疗方案。对于年轻但症状较轻的患者，也可以先进行期待治疗，但需要密切关注病情变化，因为部分患者可能会在一段时间后病情进展。
特殊人群注意事项
1.育龄期女性：如果有生育要求，在选择治疗方案时要优先考虑对卵巢功能影响较小的方式，如腹腔镜手术尽量保留正常卵巢组织，以提高受孕几率。同时，在治疗后要密切监测排卵等情况，因为巧克力囊肿本身可能会影响排卵和受孕，治疗后需要积极备孕，若长时间未孕，可能需要进一步进行不孕相关的检查和治疗。
2.接近绝经女性：在期待治疗过程中，要注意观察自身症状变化，如出现阴道不规则出血、腹痛加重等情况，要及时就医，因为接近绝经的女性也可能会有其他妇科疾病的发生，需要排除其他病变的可能。
3.有基础疾病的患者：如有心血管疾病的患者在使用非甾体抗炎药时要谨慎，因为这类药物可能会影响心血管系统，增加心血管事件的风险；有肝脏疾病的患者在使用避孕药、孕激素等药物时要严格评估肝脏功能，避免加重肝脏负担；有消化道溃疡病史的患者使用非甾体抗炎药要防止诱发消化道出血等并发症。
