巧克力囊肿的相关学说包括：子宫内膜异位种植学说（经血逆流及淋巴、静脉播散致异位种植生长）、体腔上皮化生学说（卵巢表面及腹膜上皮化生为子宫内膜样组织引发）、免疫因素（免疫系统异常及自身抗体产生致异位细胞存活生长）、遗传因素（家族遗传倾向及特定基因变异增加发病风险）。
淋巴及静脉播散：子宫内膜细胞还可能通过淋巴系统或静脉系统转移到盆腔以外的部位，如肺部、肠道等，但转移到卵巢部位种植生长进而形成巧克力囊肿也是其中一种情况。这种转移途径相对经血逆流来说较为少见，但同样可能发生在一些特殊的生理或病理状态下。比如患有某些基础疾病影响淋巴或静脉循环的女性，可能会增加这种异位种植的风险。对于有基础疾病的女性，在关注基础疾病治疗的同时，也需要留意妇科方面的健康状况。
体腔上皮化生学说
卵巢表面上皮化生：卵巢表面的体腔上皮在某些因素刺激下，可能会化生为子宫内膜样组织，进而发展为巧克力囊肿。长期的炎症刺激可能是诱发这种化生的一个因素。例如，盆腔慢性炎症会持续刺激卵巢表面上皮，使得上皮细胞发生异常化生。对于患有慢性盆腔炎的女性，需要积极治疗炎症，以降低巧克力囊肿的发生风险。在治疗过程中，要遵循规范的治疗方案，按时服药、定期复查，同时注意生活方式的调整，增强自身免疫力，促进炎症的消退。
腹膜上皮化生：盆腔腹膜的体腔上皮也可能发生化生，形成异位的子宫内膜组织，从而引发巧克力囊肿。一些自身免疫性疾病可能会影响腹膜上皮的正常状态，增加化生的可能性。患有自身免疫性疾病的女性，除了针对自身免疫性疾病进行治疗外，还需要密切关注盆腔内生殖器官的情况，以便及时发现巧克力囊肿等相关疾病。在日常生活中，要注意休息，保持良好的心态，配合治疗，控制自身免疫性疾病的发展，减少对生殖系统可能产生的不良影响。
免疫因素
免疫系统异常：人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的子宫内膜细胞，但当免疫系统出现异常时，就无法有效地清除这些异位细胞，导致它们在盆腔内持续生长，形成巧克力囊肿。例如，一些患有免疫缺陷疾病的女性，或者长期处于精神压力过大、生活不规律等状态下导致免疫力下降的女性，更容易出现免疫系统异常，从而增加巧克力囊肿的发病风险。对于免疫缺陷疾病患者，要严格按照医生的要求进行治疗和监测，同时注意日常生活中的防护，避免感染等情况加重病情。而对于因生活方式等因素导致免疫力下降的女性，需要调整生活作息，保证充足的睡眠、合理的饮食和适度的运动，以维持良好的免疫状态，降低巧克力囊肿的发生几率。
自身抗体产生：机体可能产生针对子宫内膜组织的自身抗体，这些自身抗体可能会破坏子宫内膜的正常代谢和修复，使得异位的子宫内膜细胞更容易存活和生长。在一些自身免疫相关性疾病中，自身抗体的产生较为常见，进而增加了巧克力囊肿的发病风险。对于怀疑有自身抗体相关问题的女性，需要进行相关的免疫指标检测，以便早期发现异常并采取相应的干预措施。在检测过程中，要积极配合医生，按照要求进行各项检查，以便准确判断自身免疫状态，为后续的预防和治疗提供依据。
遗传因素
家族遗传倾向：巧克力囊肿具有一定的遗传易感性，如果家族中有亲属患有巧克力囊肿，那么其他家族成员患该病的风险可能会增加。研究表明，遗传因素可能通过影响个体的基因表达等方式，使个体更容易发生子宫内膜异位相关的病变。对于有家族遗传史的女性，需要更加关注自身的妇科健康，定期进行妇科检查，包括超声检查等，以便早期发现巧克力囊肿。在青春期开始，就可以考虑定期进行妇科方面的筛查，尤其是有家族遗传史的女性，要比一般人群更早开始筛查，并且增加筛查的频率，做到早发现、早诊断、早治疗。
特定基因变异：某些特定基因的变异可能与巧克力囊肿的发生密切相关。例如，一些与子宫内膜细胞黏附、侵袭等相关的基因发生变异时，会增加子宫内膜细胞异位种植和生长的可能性。目前对于相关基因变异的研究还在不断深入，随着基因检测技术的发展，未来可能会通过基因检测来评估个体患巧克力囊肿的风险。对于有条件进行基因检测的女性，尤其是有家族遗传史的女性，可以考虑进行相关基因检测，了解自身的基因情况，从而采取更有针对性的预防措施。但基因检测也需要在专业医生的指导下进行，充分了解检测的意义和可能带来的影响。
