巧克力囊肿有多种常见症状，痛经多为继发性且随病情发展可能加重，青春期、育龄期及不同生活方式女性表现有别；月经异常表现为量多、经期长或周期紊乱，育龄女性及有家族史者需警惕；不孕与囊肿影响排卵、输卵管及盆腔环境等有关，年龄大及长期吸烟酗酒者风险增加；性交疼痛在月经前期明显，有盆腔手术史者可能加重；还有肠道、膀胱、肺部等特殊部位巧克力囊肿的相应症状，不同部位及年龄段、生活方式女性发病及表现有差异。
表现：多为继发性痛经，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药物止痛。疼痛常随着月经周期而加重。由于雌激素水平不断高涨，使异位的子宫内膜增生、肿胀，如再受孕激素影响则出血，刺激局部组织，以致疼痛。
年龄因素：青春期女性可能因对疼痛的耐受程度不同而表现各异，年轻女性可能初期痛经不严重，但随着病情发展可能逐渐加重；育龄期女性是巧克力囊肿痛经的高发人群，此阶段女性生育需求较高，痛经可能影响生活质量和生育计划。
生活方式影响：长期精神紧张、压力大的女性，可能会加重痛经症状，因为精神因素会影响神经内分泌系统，进而影响子宫的收缩等情况。
月经异常
表现：主要表现为月经量增多、经期延长或月经周期紊乱。月经量增多是因为异位的子宫内膜影响了子宫的正常收缩和内膜的正常脱落，导致内膜面积增大等；经期延长可能是子宫内膜异位症影响了子宫的凝血机制等；月经周期紊乱则与体内激素水平受异位内膜影响有关。
性别因素：女性均可能出现月经异常，但巧克力囊肿在育龄女性中更常见，所以对于育龄期女性出现月经异常更应警惕巧克力囊肿等妇科疾病。
病史因素：有子宫内膜异位症家族史的女性，发生巧克力囊肿时月经异常的风险可能更高，因为遗传因素可能使子宫等生殖系统对内膜异位的易感性增加。
不孕
表现：巧克力囊肿可能导致不孕，据研究，巧克力囊肿患者中不孕的发生率较高。这是因为囊肿会影响卵巢的排卵功能、输卵管的通畅性以及盆腔内环境等。例如，囊肿可能压迫卵巢，影响卵子的排出；或者引起盆腔粘连，影响输卵管拾卵及输送受精卵的功能；还可能改变盆腔内的免疫环境，不利于受精卵的着床等。
年龄因素：随着年龄增长，尤其是接近35岁及以上的女性，巧克力囊肿导致不孕的风险会增加，因为年龄本身会影响卵巢功能和生育能力，再加上巧克力囊肿对生殖系统的不良影响，不孕的几率进一步升高。
生活方式影响：长期吸烟、酗酒的女性，其生育功能可能受到损害，再合并巧克力囊肿时，不孕的可能性更大，因为吸烟酗酒会影响激素水平、卵巢功能等。
性交疼痛
表现：一般表现为性交时出现疼痛，尤其是在月经前期较为明显。这是因为异位的子宫内膜在盆腔内，尤其是子宫直肠陷凹等部位，性交时子宫颈受到碰撞以及子宫的收缩和提升，会引起疼痛。
性别因素：仅女性会出现性交疼痛的症状，因为这是与女性生殖系统相关的疾病表现。
病史因素：有盆腔手术史的女性，发生盆腔粘连的风险增加，而巧克力囊肿患者本身可能因疾病导致盆腔粘连，再加上手术史，会加重性交疼痛的症状，因为手术可能进一步损伤盆腔组织，导致粘连加重。
其他特殊部位巧克力囊肿的症状
肠道巧克力囊肿：可能出现腹痛、腹泻、便秘或周期性少量便血等症状。如果囊肿累及肠道，会影响肠道的正常蠕动和功能，当月经周期时，异位内膜出血刺激肠道，就会出现上述肠道相关症状。
膀胱巧克力囊肿：可出现周期性尿频、尿痛、血尿等症状。因为囊肿压迫膀胱，在月经周期时，异位内膜出血刺激膀胱黏膜，导致膀胱刺激症状。
肺部巧克力囊肿：可能出现经期咯血、气胸等症状。当异位内膜种植在肺部时，随着月经周期出血，就会出现咯血等肺部相关症状，严重时可能导致气胸等情况。
年龄因素：对于不同部位的巧克力囊肿，各年龄段女性都可能发生，但肠道、膀胱、肺部等部位的巧克力囊肿在成年女性中相对更常见，儿童期发生肺部等部位的巧克力囊肿非常罕见。
生活方式影响：长期处于污染环境中或有特殊职业暴露（如接触某些化学物质等）的女性，可能增加特殊部位巧克力囊肿的发生风险，进而出现相应部位的特殊症状，因为不良环境或职业暴露可能影响身体的免疫等功能，导致异位内膜种植在特殊部位。
