上呼吸道感染发烧不退可能由多种因素导致，包括感染因素未得到控制（病原体未被有效清除、混合感染）、自身免疫因素相关（免疫反应持续）、其他潜在疾病因素（基础疾病影响、并发症的发生）、环境与个体因素（环境因素、个体差异）。
一、感染因素未得到控制
病原体未被有效清除：上呼吸道感染多由病毒引起，如鼻病毒、流感病毒等，也有部分由细菌感染导致。如果是病毒感染，一些特殊病毒引起的上呼吸道感染可能病程较长，例如EB病毒引起的传染性单核细胞增多症，可出现长时间发烧不退的情况；若是细菌感染，没有选用针对性的敏感抗生素，感染得不到控制，就会持续发烧。不同年龄人群感染病原体的种类可能有所不同，儿童相对更易感染某些病毒，而成年人细菌感染的比例可能相对有所变化。比如儿童感染A组β溶血性链球菌易引发猩红热，除了发热外，还会有皮疹等表现，若治疗不及时可能发烧不退。
混合感染：有时候患者可能同时存在病毒和细菌的混合感染，或者初始是病毒感染后继发细菌感染，这都会导致发烧持续。比如先有病毒引起上呼吸道感染，之后合并了肺炎链球菌等细菌感染，就会使得发热难以消退。不同生活方式的人群，比如经常接触传染源的医护人员等，混合感染的风险可能相对较高，因为接触病原体的机会更多。
二、自身免疫因素相关
免疫反应持续：人体感染病原体后，免疫系统会被激活，产生一系列免疫反应来对抗病原体。但在一些情况下，免疫反应过于强烈或持续时间过长，也会导致发烧不退。例如自身免疫性疾病相关的上呼吸道感染，自身免疫系统错误地攻击自身组织，同时又有感染存在，会使发烧难以控制。对于有自身免疫性疾病病史的人群，如系统性红斑狼疮患者，在合并上呼吸道感染时，更容易出现发烧不退的情况，因为其自身免疫功能紊乱，感染后的免疫调节失衡。
三、其他潜在疾病因素
基础疾病影响：如果患者本身有基础疾病，如糖尿病，血糖控制不佳时，机体抵抗力下降，容易发生感染且感染不易控制，从而导致上呼吸道感染发烧不退。老年人由于各器官功能衰退，基础疾病相对较多，如慢性阻塞性肺疾病、冠心病等，在发生上呼吸道感染时，身体的代偿能力减弱，感染容易扩散或难以控制，进而出现发烧长时间不退的情况。例如老年慢性阻塞性肺疾病患者，呼吸道防御功能差，合并上呼吸道感染后，炎症不易消退，发热持续。
并发症的发生：上呼吸道感染可能引发一些并发症，如中耳炎、鼻窦炎、支气管炎、肺炎等，当出现这些并发症时，也会导致发烧不退。比如上呼吸道感染引发肺炎，肺部炎症持续存在，就会不断引起发热。不同年龄阶段发生并发症的风险不同，儿童的咽鼓管短而宽，平置，上呼吸道感染时更易并发中耳炎，从而导致发烧持续；老年人由于呼吸道纤毛运动减弱等因素，并发肺炎的风险较高，进而出现长时间发烧。
四、环境与个体因素
环境因素：如果患者所处环境温度不适宜、通风不良等，不利于身体散热，也可能影响发烧的消退。比如在寒冷且密闭的环境中，身体散热受阻，会使得发烧持续。不同生活环境的人群受此影响不同，长期处于高温、不通风工作环境的人群，在发生上呼吸道感染时，更易因环境因素导致发烧不退。
个体差异：不同个体对感染的反应不同，有些人本身代谢率较高，或者体质特殊，在感染后发烧持续时间较长。比如一些运动员，平时身体素质好，但在感染上呼吸道感染后，可能因为身体的应激等因素，发烧恢复相对较慢。而对于儿童来说，其体温调节中枢尚未发育完善，感染后体温波动可能更明显，也可能出现发烧不退的情况，需要密切观察其精神状态等情况，因为儿童病情变化相对较快。
