巧克力囊肿治疗方式有手术、药物、介入治疗等。手术包括囊肿剥除术（适用于有生育要求年轻患者，术后有复发可能）、患侧卵巢切除术（适用于无生育要求较年长患者，影响内分泌）、全子宫切除术（适用于年龄大无生育要求且病变累及子宫患者，影响大）；药物有口服避孕药（抑制排卵）、孕激素（使异位内膜萎缩）、GnRH-a（抑制垂体致卵巢激素下降）；介入治疗是超声引导下囊肿穿刺硬化，创伤小但复发率高。巧克力囊肿较难去根，治疗需综合患者情况选方案，治疗后要定期随访。
一、手术治疗
1.囊肿剥除术：适用于有生育要求的年轻患者。通过手术将巧克力囊肿的囊壁剥除，尽量保留正常卵巢组织，以保留生育功能。该手术方式的原理是直接去除病灶，但术后有复发的可能，复发率约为40%-50%左右。对于年龄较轻、有生育愿望的女性，手术是保留生育功能的主要手段，但术后需要密切监测，因为仍有复发风险影响生育。
2.患侧卵巢切除术：适用于无生育要求且病变较广泛的较年长患者。直接切除患侧卵巢，避免囊肿复发相关的问题，但会导致卵巢功能部分丧失，影响雌激素分泌等，对女性内分泌有一定影响，尤其对于较年轻女性，可能会加速卵巢功能衰退的进程。
3.全子宫切除术：适用于年龄较大、无生育要求且病变累及子宫的患者。切除子宫和患侧附件等，这种手术方式对女性生殖和内分泌功能影响较大，术后会完全丧失生育能力，且雌激素水平大幅下降，可能出现更年期症状等。
二、药物治疗
1.口服避孕药：通过抑制排卵，使子宫内膜萎缩，从而减少巧克力囊肿的生长。常用的如复方短效口服避孕药，一般需要连续服用3-6个月甚至更长时间。对于有避孕需求且适合使用口服避孕药的患者，可作为一种辅助治疗或术后预防复发的手段。但有静脉血栓风险、肝肾功能不全等情况的患者需要谨慎使用。
2.孕激素：如甲地孕酮、甲羟孕酮等，可使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩。一般用药3-6个月，停药后可能出现反跳性出血等情况。对于不能耐受手术或术后复发的患者可考虑使用，但长期使用可能会有体重增加、抑郁等不良反应，有严重肝肾功能不全、不明原因阴道出血等情况的患者禁用。
3.GnRH-a（促性腺激素释放激素激动剂）：通过抑制垂体分泌促性腺激素，导致卵巢激素水平明显下降，出现暂时性绝经，使异位内膜萎缩。常用药物有亮丙瑞林、戈舍瑞林等。一般每28天注射一次，连续使用3-6个月。使用后会出现潮热、阴道干燥、骨质疏松等更年期综合征样症状，对于年轻患者需要考虑骨保护等问题，一般连续使用超过6个月需要添加雌激素预防骨质疏松，有严重骨质疏松、肝肾功能不全等患者慎用。
三、介入治疗
超声引导下的囊肿穿刺硬化治疗，在B超引导下将穿刺针插入囊肿内，抽出囊液后注入硬化剂，使囊肿壁发生无菌性炎症，粘连闭锁。该方法创伤较小，但复发率相对较高，对于部分不愿意接受手术的患者可作为一种选择，但需要严格掌握适应证，对于囊肿较大、位置特殊等情况可能不适用，且术后需要定期复查。
巧克力囊肿较难做到绝对意义上的“去根”，因为其发病机制与子宫内膜异位症相关，子宫内膜异位到卵巢上，即使通过手术或药物治疗，仍有一定的复发几率。在治疗过程中需要根据患者的年龄、生育要求、症状严重程度等综合考虑选择合适的治疗方案，对于有生育要求的患者优先选择保留生育功能的治疗方式，同时治疗后需要定期随访，监测囊肿是否复发以及卵巢功能等情况。对于特殊人群，如年轻未生育女性，在治疗时要充分权衡各种治疗方式对生育功能的影响；对于年龄较大的女性，要考虑手术对内分泌功能的影响等。
