巧克力囊肿的发生与遗传、经血逆流、免疫、炎症、内分泌等因素相关。遗传因素使部分人具患病倾向；经血逆流时活性子宫内膜细胞种植可致发病；免疫功能异常会致异位内膜细胞无法被有效清除；盆腔炎症改变微环境利于内膜种植；雌激素水平过高会增加患病风险，育龄女性因雌激素水平高为高发人群，绝经后则发生率低。
一、遗传因素
1.相关机制：部分巧克力囊肿具有遗传倾向，某些基因的突变可能增加个体患巧克力囊肿的风险。例如，有研究发现特定染色体上的基因变异与子宫内膜异位症（巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型）的发生相关，这种遗传因素可能使个体的细胞生物学行为发生改变，导致子宫内膜组织异常种植和生长。
2.人群影响：有家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病的女性，相比没有家族史的女性，其发生巧克力囊肿的概率相对较高。这提示遗传因素在巧克力囊肿的发生中起到了一定作用，但并非绝对，因为即使有家族遗传背景，也不是所有携带相关基因变异的人都会发病。
二、经血逆流
1.具体过程：在月经期间，子宫内膜碎片可通过输卵管逆流至盆腔。正常情况下，大部分子宫内膜会随着月经排出体外，但部分女性由于生殖道畸形等原因，使得经血逆流的情况更容易发生。逆流至盆腔的子宫内膜细胞具有活性，它们会在盆腔内种植，并逐渐生长，形成异位的子宫内膜病灶，其中种植在卵巢上的病灶不断出血，就会形成巧克力囊肿。
2.影响因素：月经周期正常、经血流出顺畅的女性相对发生经血逆流导致巧克力囊肿的风险相对较低，而存在生殖道梗阻等情况的女性，经血逆流的概率增加，从而增加了巧克力囊肿的发病风险。比如先天性阴道闭锁的女性，就更容易出现经血逆流引发盆腔子宫内膜异位的情况。
三、免疫因素
1.免疫功能异常的作用：人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的子宫内膜细胞。但当免疫功能出现异常时，如免疫系统对异位的子宫内膜细胞监视和清除功能减弱，就无法有效清除这些异位种植的子宫内膜细胞，使得它们能够在盆腔内持续生长，逐渐发展为巧克力囊肿。例如，一些自身免疫性疾病患者，由于免疫系统处于紊乱状态，患巧克力囊肿的概率可能会升高。
2.人群差异：免疫功能正常的女性，其免疫系统能够较好地应对异位的子宫内膜细胞，发生巧克力囊肿的风险相对较低；而本身患有免疫缺陷相关疾病或者处于免疫功能低下状态（如长期使用免疫抑制剂的患者）的女性，更容易出现免疫监视功能异常，进而增加巧克力囊肿的发病几率。
四、炎症因素
1.炎症与内膜种植的关系：盆腔炎症可能会改变盆腔内的微环境，使得盆腔组织的炎症反应增强。这种炎症环境有利于子宫内膜细胞的种植和存活。例如，盆腔的慢性炎症会导致局部血管增生、纤维组织增生等，为异位的子宫内膜细胞提供了更适宜的生长条件，促进其不断增殖形成囊肿。一些有盆腔感染病史的女性，患巧克力囊肿的风险比没有盆腔感染病史的女性要高。
2.不同人群的炎症影响：对于有过盆腔手术史导致盆腔粘连进而引发炎症的女性，或者经常发生盆腔感染的女性，由于盆腔炎症的长期刺激，子宫内膜异位种植的机会增加，从而更容易患上巧克力囊肿。而平时注意个人卫生、较少发生盆腔炎症的女性，相对来说发生巧克力囊肿的风险较低。
五、内分泌因素
1.雌激素的作用：雌激素是促进子宫内膜生长的重要激素。体内雌激素水平过高会刺激子宫内膜过度增生，增加子宫内膜异位种植的可能性。例如，长期服用含有雌激素的药物、患有内分泌疾病导致雌激素水平异常升高（如多囊卵巢综合征患者常存在雌激素相对过多的情况）的女性，患巧克力囊肿的风险会增加。因为过高的雌激素会使得子宫内膜组织更活跃，更容易发生异位种植并生长形成囊肿。
2.不同性别年龄的内分泌特点：育龄期女性由于卵巢功能活跃，体内雌激素水平相对较高，是巧克力囊肿的高发人群。而绝经后女性体内雌激素水平大幅下降，巧克力囊肿的发生率相对较低。这也从侧面反映了内分泌因素尤其是雌激素水平在巧克力囊肿发生中的重要作用。
