新生儿肠炎的发生与感染因素和非感染因素有关。感染因素包括细菌（致病性大肠杆菌、空肠弯曲菌、鼠伤寒沙门菌等）、病毒（轮状病毒、诺如病毒等）、真菌（长期用广谱抗生素等致真菌过度生长）感染；非感染因素有喂养不当（人工或母乳喂养不当）、过敏（牛奶蛋白或母乳蛋白过敏）、肠道发育不成熟、环境因素（温度不适、卫生差）等。
致病性大肠杆菌：是新生儿肠炎常见的致病菌之一。致病性大肠杆菌可通过污染的奶具、手等途径进入新生儿肠道。新生儿胃肠道功能尚未发育完善，肠道屏障功能较弱，易受致病性大肠杆菌侵袭。例如，有研究发现，在新生儿重症监护病房中，致病性大肠杆菌引起的肠炎较为常见，这些新生儿往往存在住院时间长、使用侵入性操作等情况，增加了细菌感染的机会。
空肠弯曲菌：可通过被污染的水或食物传播给新生儿。新生儿免疫系统相对不成熟，对空肠弯曲菌的抵抗力较弱。当新生儿摄入被空肠弯曲菌污染的食物后，细菌在肠道内定植并繁殖，引起肠道炎症反应。
鼠伤寒沙门菌：具有较强的传染性，可在新生儿之间传播。新生儿感染鼠伤寒沙门菌后，肠道会出现炎症，表现为腹泻、腹痛等症状。新生儿病房如果卫生条件不佳，容易造成鼠伤寒沙门菌的传播流行，尤其是早产儿、低出生体重儿等免疫力更低的新生儿更容易感染。
病毒感染：
轮状病毒：是引起新生儿病毒性肠炎的重要病原体。主要通过粪-口途径传播。新生儿感染轮状病毒后，病毒在小肠绒毛上皮细胞内复制，导致绒毛萎缩、变短，影响肠道的吸收功能，引起腹泻等症状。轮状病毒肠炎在秋冬季节较为多见，新生儿如果接触了被轮状病毒污染的环境，就容易感染。
诺如病毒：也可引起新生儿肠炎，通过污染的水源、食物等传播。新生儿感染诺如病毒后，胃肠道会出现炎症反应，导致呕吐、腹泻等症状，病情轻重不一，对于免疫力低下的新生儿可能会出现较为严重的脱水等并发症。
真菌感染：
新生儿长期使用广谱抗生素、糖皮质激素等，会破坏肠道正常菌群平衡，导致真菌过度生长，引起真菌性肠炎。例如，一些因基础疾病需要长期使用抗生素治疗的新生儿，肠道内正常的细菌被抑制，念珠菌等真菌就可能趁机繁殖，引发肠炎。
非感染因素
喂养不当：
人工喂养不当：如果奶粉调配浓度不当，过浓或过稀都会影响新生儿肠道的消化吸收。过浓的奶粉会增加新生儿肠道的消化负担，而过稀的奶粉则不能满足新生儿的营养需求，同时可能导致肠道功能紊乱，引发肠炎。另外，奶具消毒不严格，残留的细菌等会污染奶粉，进而引起肠道炎症。
母乳喂养不当：母亲饮食不合理也可能影响母乳质量，从而导致新生儿肠炎。例如母亲食用过多辛辣、油腻等刺激性食物，可能通过母乳传递给新生儿，引起新生儿肠道不适。而且母乳喂养时，如果喂养姿势不正确，新生儿吸入过多空气，也可能导致胃肠功能紊乱，增加肠炎发生的风险。
过敏因素：
牛奶蛋白过敏：新生儿对牛奶中的蛋白质过敏时，摄入母乳或奶粉后，免疫系统会将牛奶蛋白视为外来的过敏原，引发免疫反应，导致肠道炎症。牛奶蛋白过敏在新生儿中的发生率有一定比例，对于有家族过敏史的新生儿，发生牛奶蛋白过敏的风险可能更高。新生儿牛奶蛋白过敏引起的肠炎表现为腹泻、呕吐、便血等症状，严重时可能影响新生儿的生长发育。
母乳蛋白过敏：虽然相对牛奶蛋白过敏发生率较低，但也有新生儿会对母乳中的蛋白质过敏，同样是由于免疫系统对母乳中的特定蛋白质产生异常免疫反应，导致肠道炎症。母亲需要注意自己的饮食，避免食用可能引起新生儿过敏的食物成分。
肠道发育不成熟：
新生儿肠道黏膜屏障功能尚未完全成熟，肠道的免疫球蛋白、消化酶等分泌不足，对各种病原体的抵御能力和消化吸收能力较弱。例如，新生儿肠道内的分泌型IgA含量较低，不能很好地阻止病原体在肠道定植，这就使得新生儿更容易发生肠炎。而且新生儿的肠道神经调节功能也不完善，容易出现胃肠蠕动紊乱等情况，影响肠道正常的消化和吸收功能，增加肠炎发生的可能性。
环境因素：
新生儿居住环境温度不适宜，过冷或过热都会影响新生儿的胃肠功能。过冷时，新生儿腹部容易着凉，导致胃肠蠕动加快，引起腹泻；过热时，新生儿体内水分散失过多，肠道消化液分泌减少，也可能影响消化吸收，增加肠炎风险。另外，新生儿生活的环境如果卫生条件差，空气中存在较多的细菌、病毒等病原体，也会增加新生儿感染肠炎的机会。
