脑炎的致病因素包括病毒、细菌、真菌、寄生虫等感染因素，自身免疫、药物不良反应、中毒、遗传、年龄、生活方式、病史等自身免疫、其他因素，不同因素导致脑炎的机制和特点各异，如病毒感染是儿童常见病因，自身免疫性脑炎与免疫系统攻击自身脑组织有关，遗传因素可增加脑炎易感性等。
病毒感染：是引发脑炎的常见原因之一。许多病毒可侵犯中枢神经系统，如单纯疱疹病毒1型，它是引起散发性致死性脑炎的重要病原体，可导致脑组织的炎症和损伤；肠道病毒也是常见的脑炎致病病毒，包括柯萨奇病毒、埃可病毒等，可通过粪-口途径传播，夏季为高发季节，儿童等人群易感染；还有水痘-带状疱疹病毒，在儿童初次感染引起水痘后，病毒可潜伏在神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可再激活，沿神经轴突移动至中枢神经系统引发脑炎。
细菌感染：细菌感染也可导致脑炎，例如肺炎链球菌，可通过血液循环到达脑部引起感染；脑膜炎双球菌也是常见的导致化脓性脑炎的病原菌，可引起流行性脑脊髓膜炎，主要发生在儿童和青少年人群中，冬春季高发，通过呼吸道飞沫传播；结核分枝杆菌可引起结核性脑炎，多有结核病史或接触史，机体免疫力低下时易发病。
真菌感染：在免疫功能低下的人群中较为常见，如新型隐球菌，可存在于土壤、鸽粪等环境中，通过呼吸道吸入后，可经血行播散至中枢神经系统引起隐球菌性脑炎，艾滋病患者等免疫缺陷人群是高危易患群体。
寄生虫感染：某些寄生虫也可导致脑炎，如脑型疟疾，由疟原虫感染引起，多见于疟疾流行地区，疟原虫随血液循环到达脑部引发炎症；神经囊虫病是由于猪肉绦虫的幼虫囊尾蚴寄生于中枢神经系统引起，多与不洁的饮食生活习惯有关，在绦虫病流行地区高发。
自身免疫因素
自身免疫性脑炎：机体免疫系统错误地攻击自身脑组织中的某些抗原，从而引发炎症反应。例如抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎，多见于年轻女性，常与卵巢畸胎瘤等相关，患者可出现精神行为异常、癫痫发作、意识障碍等多种临床表现；还有抗LGI1抗体相关脑炎、抗Ma2抗体相关脑炎等，这些自身免疫性脑炎的发生与个体的自身免疫调节机制紊乱有关，可能与遗传易感性等因素相关，不同自身免疫性脑炎有其特定的临床特点和抗体谱。
其他因素
药物不良反应：某些药物在极少数情况下可能引起脑部的炎症反应作为不良反应，但相对较为罕见。例如一些抗癫痫药物等在个别人群中可能引发中枢神经系统的异常免疫反应导致脑炎，但发生概率较低。
中毒：某些毒物中毒也可能导致脑炎样表现，如重金属（铅、汞等）中毒，可通过损伤神经系统细胞等途径引起脑部的炎症性改变；某些化学毒物（如有机磷农药等）中毒，除了有典型的中毒症状外，也可能累及中枢神经系统引发炎症反应，但这类情况相对较少见，通常有明确的毒物接触史。
遗传因素：某些遗传性疾病可增加脑炎的易感性，例如一些先天性免疫缺陷的遗传疾病患者，由于机体的免疫防御功能存在先天性缺陷，更容易受到各种病原体的侵袭而引发脑炎，或者在面对相同的致病因素时，比正常人群更易发生中枢神经系统的炎症反应，这类患者的发病往往与遗传基因的突变等有关，从幼年时期就可能表现出相关的易患倾向。
年龄因素：不同年龄段脑炎的主要致病原因有所差异。儿童时期，由于免疫系统尚未完全发育成熟，病毒感染更为常见，如肠道病毒等引起的脑炎相对多见；而老年人由于机体免疫力下降，细菌、真菌等机会性感染导致脑炎的风险增加，同时自身免疫性脑炎也可能在老年人群中出现，但相对比例可能与其他年龄段不同；新生儿时期，可能由于围生期的感染等因素，如乙型脑炎病毒等感染也可引发脑炎，但新生儿脑炎的病因有其特殊性，多与母亲孕期感染等情况相关。
生活方式因素：长期酗酒的人群，机体营养状况可能不佳，免疫力下降，同时酒精对神经系统有直接的毒性作用，容易增加感染病原体引发脑炎的风险；经常处于卫生条件较差环境中的人群，接触病原体的机会增多，也更易发生感染性脑炎；而缺乏运动、长期精神压力大等不良生活方式可能影响机体免疫力，间接增加脑炎的发病概率。
病史因素：有基础疾病的人群，如患有糖尿病且血糖控制不佳的患者，容易并发各种感染，包括中枢神经系统感染引发脑炎；有神经系统基础疾病的患者，如既往有脑血管病等，脑部的血液循环等状况异常，更易受到病原体侵袭或自身免疫反应的影响而发生脑炎；有免疫性疾病正在接受免疫抑制剂治疗的患者，由于免疫功能被抑制，对病原体的抵御能力下降，发生机会性感染性脑炎或自身免疫性脑炎的风险明显升高。
