长期腹泻可由感染性疾病和非感染性疾病引起。感染性疾病包括肠道细菌（如沙门菌属、志贺菌属）、病毒（如轮状病毒、诺如病毒）、寄生虫（如阿米巴原虫、贾第虫）感染；非感染性疾病包括炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克罗恩病）、肠易激综合征、吸收不良综合征（乳糜泻、短肠综合征）及其他系统疾病（甲状腺功能亢进症、糖尿病）累及肠道等，不同疾病有其相应发病机制及临床表现特点。
一、感染性疾病相关
1.肠道细菌感染
例如沙门菌属感染，患者多有进食被污染食物史，除长期腹泻外，可能伴有发热、腹痛等症状。沙门菌感染是由于摄入了含有沙门菌的食物，沙门菌在肠道内繁殖，引起肠道炎症反应，导致肠道蠕动加快，出现腹泻。儿童由于免疫系统发育不完善，相对更易感染，且如果不及时处理，可能导致脱水等严重后果。
志贺菌属感染引起的菌痢，典型表现为黏液脓血便伴腹泻，也有部分患者表现为长期腹泻。志贺菌产生的毒素会损伤肠道黏膜，引起炎症和溃疡，从而影响肠道的正常吸收和分泌功能，导致腹泻持续。
2.肠道病毒感染
如轮状病毒感染，主要多见于婴幼儿，可引起秋季腹泻，但也有部分患者表现为长期腹泻症状。轮状病毒侵犯肠道上皮细胞，影响肠道的消化和吸收功能，导致腹泻迁延不愈。成人感染轮状病毒后也可能出现长期腹泻的情况，其发病机制是病毒对肠道黏膜的持续损伤，使得肠道功能恢复缓慢。
诺如病毒感染也可导致长期腹泻，患者有食用被诺如病毒污染的食物或水的经历，病毒在肠道内复制，引起肠道炎症，导致腹泻症状持续较长时间，尤其对于免疫力低下的人群，如老年人、艾滋病患者等，感染后更易出现长期腹泻。
3.寄生虫感染
阿米巴痢疾是由溶组织内阿米巴原虫引起，患者会出现长期腹泻，大便多呈暗红色果酱样。阿米巴原虫侵入肠道黏膜，引起溃疡等病变，导致肠道功能紊乱，出现长期腹泻。儿童如果接触了被阿米巴原虫污染的环境，如土壤等，容易感染，而对于卫生条件较差的地区，人群感染风险相对较高。
贾第虫感染也可导致长期腹泻，患者有饮用被贾第虫污染的水的可能，贾第虫寄生于小肠，影响营养物质的吸收，导致腹泻长期不愈。
二、非感染性疾病相关
1.炎症性肠病
溃疡性结肠炎：病因尚不明确，可能与遗传、免疫等因素有关。患者主要表现为反复发作的腹泻、黏液脓血便，病情迁延不愈可导致长期腹泻。儿童发病时可能影响生长发育，因为长期腹泻导致营养吸收不良。其发病机制是肠道免疫系统异常激活，导致肠道黏膜持续炎症，出现溃疡等病变，引起肠道功能紊乱。
克罗恩病：是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及胃肠道各部位，以末端回肠和右半结肠多见。患者有腹泻、腹痛、腹部包块等表现，腹泻可为长期反复发作。儿童患者可能出现生长发育迟缓，因为疾病影响了营养物质的吸收和利用。发病与遗传易感性和免疫异常有关，肠道局部免疫反应异常导致肠道炎症持续存在。
2.肠易激综合征
这是一种常见的功能性胃肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感、肠道感染后、精神心理因素等有关。患者主要表现为腹痛、腹泻或便秘，腹泻型肠易激综合征可出现长期腹泻，且症状多与精神因素有关，如焦虑、紧张等可诱发或加重腹泻。女性相对男性更易患肠易激综合征，其发病机制涉及肠道神经-内分泌-免疫网络的功能失调，导致肠道运动和感觉异常。
3.吸收不良综合征
多种原因可引起，如乳糜泻，是由于患者对麦胶蛋白过敏，进食含麦胶的食物后，肠道黏膜受损，影响营养物质的吸收，导致长期腹泻、消瘦、营养不良等。儿童乳糜泻可能表现为生长发育落后，因为营养吸收不良影响了身体的正常生长。发病机制是机体对麦胶中的醇溶蛋白产生免疫反应，损伤肠道黏膜，影响营养物质的吸收。
短肠综合征多由于肠道切除过多等原因引起，剩余肠道不能充分吸收营养物质，导致长期腹泻。患者由于肠道有效吸收面积减少，各种营养物质包括水分、电解质、糖类、蛋白质等的吸收障碍，出现长期腹泻，严重影响患者的营养状况和生活质量。
4.其他系统疾病累及肠道导致长期腹泻
甲状腺功能亢进症：甲状腺激素分泌过多，导致胃肠蠕动加快，出现腹泻，可表现为长期腹泻症状。甲状腺激素能促进机体的新陈代谢，包括胃肠道的蠕动加快，所以甲亢患者常伴有腹泻，而且如果甲亢病情控制不佳，腹泻会长期存在。对于老年甲亢患者，由于其身体机能相对较弱，腹泻可能会对其营养状况和整体健康产生更明显的影响。
糖尿病：糖尿病性腹泻是糖尿病的并发症之一，发病机制可能与自主神经病变有关。患者出现长期腹泻，可为顽固性腹泻，同时可能伴有便秘与腹泻交替等情况。糖尿病患者由于自主神经受损，影响了肠道的神经调节功能，导致肠道运动和分泌功能紊乱，引起腹泻长期不愈。尤其是病程较长的糖尿病患者，发生自主神经病变的风险增加，更易出现长期腹泻。
