晨起口臭可能由多种因素引起，包括口腔局部因素如清洁不到位、龋齿、牙周炎、牙龈炎，全身系统性疾病如消化系统疾病（胃食管反流病、消化不良）、呼吸系统疾病（鼻窦炎、肺炎），以及其他因素如饮食因素、药物因素、不良生活习惯，不同年龄人群受这些因素影响出现晨起口臭的情况各有特点。
口腔疾病：
龋齿：牙齿龋坏处易积存食物碎屑，细菌在龋洞内大量繁殖，可产生异味。如浅龋时可能无明显自觉症状，但细菌代谢产物会引发口臭；中龋、深龋时，食物嵌入龋洞会加重口臭。各个年龄段均可发生龋齿，儿童由于饮食习惯和口腔卫生特点，龋齿发生率相对较高，进而导致晨起口臭的风险增加；成年人若口腔卫生维护不佳，也可能患龋齿出现口臭。
牙周炎：牙周炎患者牙周袋内存在大量菌斑、牙石及炎性分泌物，细菌及其代谢产物会产生异味。研究发现，牙周炎患者晨起口臭程度与牙周袋深度、菌斑指数呈正相关。不同年龄段人群中，老年人由于牙龈萎缩、牙齿松动等原因，更易患牙周炎，晨起口臭的情况相对常见；年轻人若有不良口腔卫生习惯，如吸烟、口腔卫生维护不及时等，也可能患上牙周炎导致口臭。
牙龈炎：牙龈发炎时，牙龈组织充血、水肿，易出血，细菌滋生产生异味。轻度牙龈炎可能仅表现为牙龈轻微红肿，晨起口臭可能是其早期信号之一。儿童和成年人都可能患牙龈炎，儿童可能因口腔卫生差、食物嵌塞等引发，成年人则可能因激素变化（如孕期牙龈炎）、吸烟等因素导致。
全身系统性疾病
消化系统疾病：
胃食管反流病：胃酸及胃内容物反流至食管甚至口腔，可引起晨起口臭。有研究显示，约半数胃食管反流病患者存在晨起口臭症状。不同年龄人群中，中老年人由于食管下括约肌功能减退等原因，胃食管反流病发生率相对较高，晨起口臭与该病相关的情况更常见；年轻人若饮食不规律、精神压力大等，也可能患胃食管反流病出现口臭。
消化不良：胃肠蠕动减慢，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，可通过食管反流至口腔导致口臭。儿童若饮食过量、食用不易消化食物等易出现消化不良，进而晨起口臭；成年人工作压力大、饮食不规律等也可能引发消化不良，出现晨起口臭情况。
呼吸系统疾病：
鼻窦炎：鼻窦内脓性分泌物积聚，可经后鼻孔流至咽部，产生异味导致口臭。例如，慢性鼻窦炎患者晨起口臭较为常见。各个年龄段人群都可能患鼻窦炎，儿童由于鼻窦发育特点，鼻窦炎相对常见，晨起口臭与鼻窦炎相关的情况也较多；成年人若有鼻腔炎症、过敏等情况，也可能引发鼻窦炎出现口臭。
肺炎：肺部感染时，呼吸道分泌物增多，其中的细菌等可产生异味，部分患者晨起时口臭明显。老年人、儿童等免疫力较低人群更容易患肺炎，这些人群晨起口臭若伴有呼吸道感染症状，需考虑肺炎可能。
其他因素
饮食因素：前一日食用大量洋葱、大蒜等具有特殊气味的食物，其气味可能残留于口腔中，导致晨起口臭。不同年龄人群均可因饮食因素出现晨起口臭，儿童若食用过多甜食、有特殊气味的零食等，可能晨起口臭；成年人社交活动中食用此类食物后，也易出现晨起口臭情况。
药物因素：某些药物服用后可能导致口腔异味，如一些降压药、降糖药等。不同年龄用药人群都需关注药物可能引起的口腔异味副作用，老年人同时服用多种药物，更要留意药物间相互作用及可能导致的晨起口臭问题；儿童用药需谨慎，若因疾病服用可能引起口臭的药物，家长需密切观察。
不良生活习惯：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔和呼吸道，导致晨起口臭。吸烟者无论年龄大小，晨起口臭发生率都高于非吸烟者。此外，长期大量饮酒也可能引起口腔异味，晨起时口臭明显，不同年龄饮酒人群均需注意。
