皮下囊肿常见引发原因包括先天性因素和后天性因素。先天性因素有胚胎发育异常和遗传因素；后天性因素包含皮肤损伤（手术或外伤、痤疮等皮肤病变）、炎症刺激、毛囊皮脂腺导管阻塞。胚胎发育异常致皮样囊肿等，遗传因素使部分皮下囊肿具倾向；皮肤受外伤或患痤疮等可致皮下囊肿，慢性炎症刺激、毛囊皮脂腺导管阻塞也会引发。不同人群在各因素影响下皮下囊肿发生情况有差异，如青春期因激素等易现相关问题，不同生活方式、基础病史人群发病概率不同。
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，某些组织的分化出现偏差，可能导致皮下囊肿的形成。例如皮样囊肿，是由于胚胎期表皮细胞残留所引起，多发生于婴儿和儿童时期，这与胚胎发育过程中的细胞迁移、分化异常密切相关，不同性别在胚胎发育阶段面临的基因表达等情况虽有差异，但胚胎发育异常导致的皮下囊肿发生概率在不同性别间无显著特定偏向性。
遗传因素：部分皮下囊肿具有一定的遗传倾向。一些遗传性综合征可能伴有特定类型的皮下囊肿表现，若家族中有相关遗传病史，后代患皮下囊肿的风险可能会增加。不过遗传因素引发皮下囊肿的具体机制较为复杂，涉及多个基因的突变或异常表达，不同基因的突变对皮下囊肿形成的影响程度和方式各不相同，且在不同生活方式下，遗传因素的外显率可能会有所不同，比如长期暴露于某些环境因素可能会影响遗传因素导致皮下囊肿发病的时机等。
后天性因素
皮肤损伤
手术或外伤：皮肤受到外伤后，如切割伤、刺伤等，在伤口愈合过程中，表皮组织可能会植入到皮下深层组织。例如，曾有过手术切口的部位，在愈合不良等情况下，表皮细胞有可能异位生长，形成囊肿样结构。不同年龄人群在遭受外伤后发生这种情况的概率因皮肤的修复能力等不同而有差异，儿童皮肤修复能力相对较强，但如果外伤较严重，也可能导致表皮植入；成年人皮肤随着年龄增长修复能力逐渐下降，发生因外伤导致皮下囊肿的情况相对儿童可能会有不同表现。
痤疮等皮肤病变：痤疮患者如果炎症较严重，毛囊皮脂腺导管堵塞，内容物潴留，可能逐渐形成囊肿型痤疮，这也属于皮下囊肿的一种情况。青春期人群由于体内激素水平变化等原因，皮脂腺分泌旺盛，更容易出现痤疮相关问题，进而引发囊肿。男性和女性在青春期激素水平变化不同，男性雄激素水平相对更高，可能在痤疮发病及发展为囊肿方面有一定差异，但总体来说痤疮引发的皮下囊肿在不同性别青春期人群中都较为常见。
炎症刺激：皮肤局部的慢性炎症长期刺激，会导致组织增生、渗出等，使得局部组织逐渐形成囊肿。例如头皮部位的毛囊炎反复发作，炎症刺激周围组织，可形成表皮样囊肿等。不同生活方式下炎症刺激的发生概率不同，长期不注意皮肤清洁、卫生习惯差的人群，皮肤局部更容易受到细菌等病原体感染，从而引发炎症刺激导致皮下囊肿；而生活方式较为健康、注重皮肤清洁的人群相对发生概率较低。对于有基础病史的人群，如本身患有糖尿病等影响免疫和代谢的疾病，皮肤局部抵抗力下降，更容易受到炎症刺激引发皮下囊肿，需要更加注意皮肤的护理和基础疾病的控制。
毛囊皮脂腺导管阻塞：毛囊皮脂腺导管堵塞是导致一些皮下囊肿形成的重要原因。皮脂腺分泌的皮脂正常情况下通过导管排出到皮肤表面，但如果导管堵塞，皮脂就会在导管内潴留，逐渐形成囊肿。这种情况在青春期人群中较为常见，与青春期皮脂腺分泌旺盛密切相关，当然其他年龄段如果出现导管堵塞情况也可能引发皮下囊肿。不同性别在青春期激素水平导致的皮脂腺分泌差异会影响导管堵塞的概率，男性雄激素水平高可能导致皮脂腺分泌更旺盛，相对女性更容易出现导管堵塞相关的皮下囊肿问题，但这也不是绝对的，个体差异较大。
