目前无绝对能根治且永不复发尖锐湿疣的方法，常见治疗方法为激光治疗、冷冻治疗和药物治疗。
1.激光治疗
利用高能激光束，使疣体组织汽化、碳化，从而去除疣体。其作用机制是激光的热效应破坏病变组织细胞结构。对于单发或少量多发的疣体有较好的去除效果。研究表明，激光治疗可以快速去除可见疣体，但复发率相对较高，一般在30%-50%，这与亚临床感染病灶未被完全清除有关。
2.冷冻治疗
通过低温液氮使疣体组织坏死、脱落。低温导致细胞内冰晶形成，破坏细胞结构和功能，进而使疣体组织坏死。冷冻治疗对于较小的疣体效果较好，复发率也因个体差异和疣体情况有所不同，一般在20%-40%。
3.药物治疗
鬼臼毒素酊能抑制被病毒感染细胞的分裂增殖，促进疣体坏死脱落。它通过抑制拓扑异构酶Ⅱ，阻碍细胞DNA合成，从而达到治疗效果；咪喹莫特乳膏通过刺激局部细胞因子的产生，如干扰素等，发挥抗病毒和免疫调节作用，间接清除疣体和抑制复发。
