根据病原学、流行病学、临床症状、诊断方法、治疗与预防存在差异，甲型流感病毒抗原性易变异可感染多种动物呈暴发或大流行全身症状重，乙型流感病毒抗原性变异不如甲型主要感染人多呈局部暴发临床症状相对轻，实验室检查可筛查区分，治疗原则基本相同均需一般治疗及抗病毒治疗，预防可通过接种疫苗和一般预防措施，特殊人群如儿童、老年人、孕妇需特殊关注。
甲型流感病毒：甲型流感病毒的抗原性易发生变异，其核蛋白抗原分为M1、M2两种，根据HA（血凝素）和NA（神经氨酸酶）的抗原性不同，又可将甲型流感病毒分成不同亚型，例如H1N1、H3N2等，且甲型流感病毒可感染人、禽、猪、马、海豹和鲸等多种动物。
乙型流感病毒：乙型流感病毒抗原性变异不如甲型明显，主要感染人，一般不引起动物流感。
流行病学差异
甲型流感：甲型流感病毒流行特点是常呈暴发或大流行，可引起世界范围的大流行，发病率高，流行无明显季节性，在人群中普遍易感。
乙型流感：乙型流感多呈局部暴发，一般局限在一定群体中流行，如学校、养老院等，发病有一定季节性，以冬春季多见，主要感染儿童等人群，但各年龄组均可发病。
临床症状差异
甲型流感：起病急，全身症状较重，如突然高热（体温可达39-40℃）、头痛、全身酸痛、乏力等，呼吸道症状相对较轻，部分患者可出现呕吐、腹泻等胃肠道症状，儿童患者呕吐、腹泻等胃肠道症状较成人多见。
乙型流感：临床症状相对甲型流感较轻，主要表现为发热、头痛、全身酸痛、乏力等全身症状，呼吸道症状如咳嗽、流涕、咽痛等相对较明显，胃肠道症状较少见。
诊断方法差异
实验室检查
甲型流感：通过流感病毒抗原检测（如胶体金法）可快速筛查，若抗原阳性提示感染流感病毒，但需进一步通过实时荧光定量PCR等方法区分是甲型还是乙型流感病毒；血清学检查中，发病初期和恢复期双份血清的流感病毒特异性IgG抗体水平呈4倍或以上升高可明确诊断。
乙型流感：同样可通过流感病毒抗原检测初步筛查，再通过特异性检测方法区分是甲型还是乙型流感病毒，血清学检查也是通过双份血清特异性IgG抗体水平变化来辅助诊断。
治疗与预防差异
治疗：两者的治疗原则基本相同，均需隔离、休息、多饮水，密切观察病情变化等一般治疗。在抗病毒治疗方面，神经氨酸酶抑制剂是常用药物，如奥司他韦等，发病早期（通常指症状出现48小时内）使用可减轻症状、缩短病程，对于甲型和乙型流感均有一定疗效，但具体用药需在医生指导下进行。
预防
疫苗接种：接种流感疫苗是预防流感最有效的手段，甲型流感疫苗和乙型流感疫苗可分别预防相应型别的流感病毒感染，老年人、儿童、孕妇、慢性病患者等高危人群应优先接种流感疫苗。
一般预防措施：保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、避免用手触摸眼、鼻、口；在流感流行季节，尽量避免去人群密集场所，如需前往可佩戴口罩；室内保持通风等。
对于特殊人群，例如儿童，由于其免疫系统尚未发育完善，感染流感后病情变化较快，需更加密切观察其病情，一旦出现高热等症状应及时就医；老年人本身可能合并多种基础疾病，感染流感后容易引发并发症，如肺炎等，所以更要做好预防措施，如及时接种疫苗、加强防护等；孕妇感染流感后可能对自身和胎儿造成不良影响，如导致早产、胎儿宫内窘迫等，因此孕妇在流感流行季节要格外注意防护，如避免去人员密集场所、做好个人卫生等。
