习惯性流产受遗传、解剖、内分泌、免疫、感染等多种因素影响，包括染色体异常等遗传因素，子宫畸形等解剖因素，黄体功能不全等内分泌因素，自身免疫性疾病等免疫因素，TORCH感染等感染因素，还有生活方式（吸烟饮酒、过度劳累）、年龄（高龄孕妇及男性年龄增长）、既往流产史等其他因素，这些因素均可导致胚胎发育异常或影响妊娠环境从而引发习惯性流产。
解剖因素
子宫解剖结构异常
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。以纵隔子宫为例，子宫腔内的纵隔会影响胚胎的着床和发育空间，使得胚胎种植后容易发生流产。这类情况在女性群体中较为常见，尤其是有过多次流产史的女性中更易发现子宫解剖结构异常问题，其发生与先天发育等因素有关，不同性别无差异，但女性发病相对更受关注。
宫腔粘连：多因宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜基底层，导致宫腔部分或全部粘连。宫腔粘连会使宫腔容积减小，影响胚胎的生长环境，从而增加习惯性流产的发生几率。有宫腔操作史的女性，尤其是多次宫腔操作的女性，发生宫腔粘连进而引发习惯性流产的风险较高。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要。若黄体功能不全，孕酮分泌不足，就不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致流产。这种情况在有内分泌紊乱病史的女性中较为常见，女性发病率相对较高，与自身内分泌调节机制异常等因素相关。
甲状腺功能异常
甲状腺功能减退：甲状腺激素分泌不足会影响母体的代谢及胚胎的发育。研究表明，甲状腺功能减退的女性习惯性流产发生率明显升高。此类情况在女性群体中，尤其是有甲状腺疾病家族史或自身曾患甲状腺疾病的女性中更易出现，年龄对甲状腺功能有一定影响，随着年龄增长，甲状腺功能减退的发生率可能会有所变化。
甲状腺功能亢进：甲状腺激素分泌过多也会干扰妊娠过程，增加习惯性流产的风险。患有甲状腺功能亢进的女性，若病情未得到良好控制，在妊娠期间发生习惯性流产的可能性较大，同样以女性发病为主，病情控制情况与妊娠结局密切相关。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等。自身免疫性疾病会产生自身抗体，这些抗体可通过影响胎盘的血液循环等方式，导致胚胎受损而流产。患有自身免疫性疾病的女性，尤其是病情活动期的女性，发生习惯性流产的风险较高，女性发病相对突出，疾病的活动状态对妊娠影响较大。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡，母体免疫系统将胚胎视为异物进行攻击，从而导致流产。这种情况在反复发生习惯性流产但自身无明显自身免疫性疾病的女性中较为常见，免疫耐受机制的异常与个体的基因等多种因素相关，性别上无明显差异，但女性在妊娠过程中免疫状态的变化更受关注。
感染因素
TORCH感染
弓形虫感染：孕妇感染弓形虫后，可通过胎盘传给胎儿，引起胚胎发育异常、流产等。在有接触宠物等可能感染弓形虫环境的女性中，感染风险相对较高，女性在妊娠期间接触相关感染源时需特别注意，不同年龄女性都可能面临感染风险，但孕期女性更应重视。
风疹病毒感染：妊娠早期感染风疹病毒可导致胎儿畸形、流产等。育龄女性在风疹流行季节或有风疹病毒接触史时，感染风险增加，女性发病在妊娠期间更需关注，年龄对风疹病毒的易感性有一定影响，儿童及成年女性都可能感染，但孕期女性感染后果更严重。
巨细胞病毒感染：孕妇感染巨细胞病毒后可通过胎盘传播给胎儿，引起流产、死胎等。有密切接触巨细胞病毒感染源环境的女性，尤其是孕期女性，感染风险较高，女性在妊娠期间的防护尤为重要，不同年龄女性都可能感染，但孕期女性感染对胎儿影响更大。
单纯疱疹病毒感染：Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒均可引起孕妇感染并传给胎儿，导致流产等。有不洁性生活史等可能接触单纯疱疹病毒环境的女性，感染风险较高，女性发病在妊娠期间需重视，不同年龄女性都可能感染，但孕期女性感染需谨慎处理。
其他因素
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟或大量饮酒会增加习惯性流产的风险。烟草中的尼古丁等有害物质及酒精都会影响胎盘的血液循环和胚胎的发育。长期有吸烟饮酒习惯的女性，尤其是孕期仍未戒除的女性，发生习惯性流产的几率明显高于不吸烟不饮酒的女性，这种生活方式对男女双方都有影响，但女性妊娠期间影响更为关键。
过度劳累：长期过度劳累会使孕妇身体处于应激状态，影响内分泌及免疫系统等，从而增加习惯性流产的可能性。无论是从事体力劳动还是脑力劳动过度的女性，在妊娠期间若不注意休息，都可能面临更高的习惯性流产风险，不同性别在妊娠期间过度劳累对女性的影响更直接。
年龄因素
高龄孕妇：随着女性年龄的增长，卵子质量下降，染色体异常的几率增加，同时子宫内环境也可能发生变化，这些因素都会导致习惯性流产的发生率升高。一般来说，35岁以上的孕妇习惯性流产的风险明显高于年轻孕妇。而男性年龄增长也会使精子质量下降，增加胚胎染色体异常的风险，从而影响妊娠结局，男性年龄对习惯性流产的影响相对女性更易被忽视，但同样重要。
病史因素
既往流产史：有过多次流产史的女性，再次发生习惯性流产的几率比无流产史的女性高。这是因为多次流产可能会对子宫等生殖器官造成损伤，影响子宫内膜的容受性等，使得再次妊娠时容易出现流产情况。这种情况在有多次流产病史的女性中较为突出，每次流产都会增加后续再次流产的风险。
