身体缺少褪黑素会引发多方面症状，包括睡眠方面的入睡困难、睡眠浅易醒；生物钟紊乱相关的昼夜节律失调、时差反应明显；还有情绪波动、免疫力下降等问题，不同人群受影响程度因自身情况而异。
睡眠浅易醒：缺少褪黑素的人睡眠较浅，容易被轻微的外界刺激唤醒。比如，在睡眠过程中，周围环境稍有动静，如灯光闪烁、轻微的脚步声等，就可能从睡眠中醒来，并且醒来后难以再次入睡。这种睡眠状态会导致睡眠周期中断，无法进入完整的深度睡眠阶段，长期如此会使人感觉睡眠质量差，白天出现疲劳、困倦等症状。不同生活方式的人群受此影响程度不同，经常熬夜、作息不规律的人本身睡眠调节就受影响，再缺少褪黑素，睡眠浅易醒的情况会更严重；有基础疾病的人群，如患有心血管疾病的患者，睡眠浅易醒可能会加重病情，因为睡眠不足会影响心血管系统的正常调节。
生物钟紊乱相关症状
昼夜节律失调：褪黑素参与维持人体的昼夜节律，身体缺少褪黑素会导致昼夜节律失调。表现为白天精神萎靡、困倦乏力，即使经过长时间休息也难以恢复精力；而到了夜晚却没有明显的困意，出现昼夜颠倒的情况。对于不同年龄的人群，儿童昼夜节律失调可能影响其正常的生长发育，因为生长激素的分泌也与睡眠节律有关，褪黑素缺乏导致的节律失调可能干扰生长激素的分泌时间和量；成年人长期昼夜节律失调会影响工作效率和生活质量，比如从事需要规律作息的工作的人，昼夜节律失调会导致工作时注意力不集中、反应迟缓等；老年人昼夜节律失调可能加重其原本的身体机能衰退，因为老年人的各项生理功能本就处于下降状态，再加上褪黑素缺乏引起的节律紊乱，会使身体的自我修复等功能受到影响。
时差反应明显：当需要跨时区旅行时，身体需要调整生物钟以适应新的时区，而褪黑素对于生物钟的调整至关重要。身体缺少褪黑素的人在跨时区旅行时，时差反应会更为明显，可能出现长时间的失眠、头晕、食欲不振等症状。例如，从东向西跨时区旅行时，身体需要适应白天变长的情况，缺少褪黑素会使这种适应过程更加困难，导致在新时区的前几天睡眠紊乱、精神状态不佳。不同生活方式的人群中，经常需要出差或旅行的人，如果身体缺少褪黑素，更容易受到时差反应的困扰，影响旅行或工作中的状态；有慢性疾病的人群，如糖尿病患者，时差反应可能会影响血糖的稳定，因为生物钟紊乱会干扰胰岛素的分泌和作用。
其他相关症状
情绪波动：有研究发现，褪黑素与情绪调节有关，身体缺少褪黑素可能导致情绪波动较大。例如，可能会出现焦虑、抑郁等情绪问题。在不同性别中，女性相对男性可能更容易受褪黑素缺乏影响而出现情绪波动，这可能与女性的生理周期等因素有关，在月经前期、孕期或更年期等特殊时期，女性体内激素水平变化较大，再加上褪黑素缺乏，情绪波动会更明显。对于不同生活方式的人群，长期处于高压力工作状态的人群，本身情绪调节就面临挑战，若身体缺少褪黑素，更容易出现焦虑、抑郁等负面情绪；有家族精神疾病史的人群，身体缺少褪黑素时，患情绪相关精神疾病的风险可能会增加。
免疫力下降：褪黑素具有一定的免疫调节作用，身体缺少褪黑素会使免疫力下降。表现为更容易受到病毒、细菌等病原体的侵袭，频繁生病，如感冒、流感等疾病的发病频率增加。在不同年龄段中，儿童由于免疫系统尚未完全发育成熟，身体缺少褪黑素时免疫力下降更为明显，容易频繁患病影响生长发育；老年人本身免疫力就随着年龄增长而下降，再加上褪黑素分泌减少，若进一步缺少褪黑素，免疫力下降会导致各种感染性疾病的发生风险大幅升高，如肺部感染等。不同生活方式的人群中，缺乏运动、长期吸烟饮酒的人群，身体缺少褪黑素时免疫力下降的情况会更严重，因为这些不良生活方式本身就会影响免疫系统功能，与褪黑素缺乏产生协同作用。
