病毒性脑炎可引发多种后遗症，包括认知功能障碍（如记忆力减退等影响生活学习工作）、运动功能障碍（肢体瘫痪、运动协调障碍影响生长发育和日常生活工作）、癫痫发作（儿童风险高且影响大脑发育等，成年影响生活工作甚至致意外）、精神行为异常（情绪障碍影响心理社交等，行为异常影响社会适应）、语言功能障碍（影响儿童语言学习交流和成年工作交往）、视力听力障碍（影响儿童学习生活和成年工作交流等），且儿童因神经系统未成熟后遗症影响更显著，老年康复更复杂需个性化治疗。
运动功能障碍
肢体瘫痪：部分患者会出现肢体瘫痪的情况，这与病毒侵犯中枢神经系统相关神经通路，影响运动神经元功能有关。比如病毒累及支配肢体运动的神经传导束，导致相应肢体肌肉无法正常运动，出现单侧或双侧肢体无力甚至完全不能活动的状况。儿童患者若发生肢体瘫痪，可能影响其正常的生长发育过程，如肌肉萎缩、关节僵硬等问题逐渐显现；成年患者则会严重影响日常生活自理能力，如无法独立行走、穿衣、洗漱等。
运动协调障碍：还可能出现运动协调障碍，表现为走路不稳、动作迟缓、精细运动困难等。例如患者拿东西时容易掉落，无法完成复杂的精细动作，像系鞋带、拿笔写字等。对于儿童来说，运动协调障碍会影响其正常的运动技能发展，如影响平衡能力的培养和发展；成年患者则会在工作和生活中面临诸多不便，如从事需要精细操作的工作时会遇到困难。
癫痫发作
病毒性脑炎后有一定概率引发癫痫发作，这是因为脑部炎症导致神经元异常放电。癫痫发作的形式多样，包括全身性强直-阵挛发作、部分性发作等。儿童患者由于神经系统仍在发育阶段，病毒性脑炎后引发癫痫的风险相对较高，且癫痫发作可能会对儿童的大脑发育产生进一步的不良影响，如影响认知功能的进一步发展等；成年患者若出现癫痫发作，会严重影响其日常生活和工作，甚至可能在一些危险场景中发生意外，如驾驶时发作等。
精神行为异常
情绪障碍：患者可能出现情绪障碍，如抑郁、焦虑等。抑郁表现为情绪低落、对以往感兴趣的事情失去兴趣、自我评价降低等；焦虑则表现为过度担忧、紧张不安、心慌、手抖等。儿童患者出现情绪障碍可能会影响其心理健康和社交能力发展，如不愿意与同伴交往等；成年患者则会在工作和家庭生活中受到情绪的困扰，影响人际关系和工作效率。
行为异常：还可能有行为异常，例如出现冲动行为、行为怪异、胡言乱语等情况。儿童患者的行为异常可能表现为无故哭闹、破坏物品等；成年患者的行为异常则可能影响其社会适应能力，导致其在社会生活中出现不适当的行为表现，难以融入正常的社交和生活环境。
语言功能障碍
对于累及语言中枢相关区域的病毒性脑炎患者，可能出现语言功能障碍，包括表达性失语（难以用语言准确表达自己的想法）、receptive性失语（难以理解他人的语言）等。儿童患者若出现语言功能障碍，会严重影响其语言学习和交流能力，阻碍其与外界的沟通；成年患者则会在工作和人际交往中面临巨大困难，如无法正常进行工作汇报、与他人交流等。
视力、听力障碍
视力障碍：病毒若侵犯眼部相关神经或视觉中枢，可能导致视力下降、视野缺损等视力障碍问题。儿童患者视力受影响会影响其学习和生活中的视觉感知，如无法准确看清书本字迹等；成年患者则会在工作中因视力问题影响工作质量，如从事需要良好视力的职业时会面临挑战。
听力障碍：侵犯耳部相关神经或听觉中枢时，可引起听力减退甚至耳聋等听力障碍情况。儿童患者听力受损会影响其语言学习的初始阶段，如难以听到声音从而影响语言的模仿和学习；成年患者则会在日常交流中遇到困难，如听不清他人说话内容等。
特殊人群方面，儿童由于神经系统发育尚未成熟，病毒性脑炎后出现后遗症的风险相对较高，且后遗症对其生长发育、认知、运动等多方面的影响更为显著，需要更加密切的康复监测和干预；老年患者本身身体机能逐渐衰退，病毒性脑炎后出现后遗症可能会加重其身体和生活的负担，康复过程相对更为复杂，需要综合考虑其身体的耐受性等多方面因素进行个性化的康复治疗等。
