良性肿瘤与恶性肿瘤在生长速度、生长方式、组织学形态、转移能力及对机体影响上存在明显差异，良性肿瘤生长慢、膨胀性生长、分化好、不转移、局部影响为主；恶性肿瘤生长快、浸润性生长、分化差、易转移、对机体影响大且可致恶病质等严重后果。
一、生长速度
良性肿瘤：生长速度通常较慢，可能在较长时间内体积变化不大。例如一些皮肤的脂肪瘤，可能数年才会有较明显的增大，其细胞增殖相对有序，按照自身的规律进行，受机体调控相对较好。对于儿童的良性肿瘤，如颅咽管瘤等，虽会逐渐生长，但进程相对缓慢，与机体的生长发育节奏有一定关联。
恶性肿瘤：生长速度往往较快，短期内可出现明显增大。像肺癌患者肺部的肿瘤，可能在几个月内就会有较显著的体积增加，癌细胞增殖失控，不受正常机体调控机制的有效约束，疯狂分裂增殖。在女性的乳腺癌中，肿瘤细胞迅速增殖，肿瘤体积能在较短时间内明显增大，影响周围组织和器官功能。
二、生长方式
良性肿瘤：多呈膨胀性生长，往往像吹气球一样挤压周围组织，但通常不侵犯周围组织。肿瘤周围一般有完整的包膜，与周围组织界限清晰，易于通过手术完整切除，术后复发几率相对较低。例如子宫平滑肌瘤，呈膨胀性生长，将周围肌组织挤压形成假包膜，与子宫肌层界限清楚。对于儿童的良性骨肿瘤，如骨样骨瘤，也是呈膨胀性生长，局限在骨的局部区域，对周围骨组织产生挤压作用。
恶性肿瘤：多呈浸润性生长，像树根长入泥土一样，肿瘤细胞长入并破坏周围组织，与周围组织分界不清，难以完全切除干净，术后容易复发。比如肝癌细胞会浸润周围肝组织，侵犯血管、胆管等结构。在食管癌中，癌细胞浸润食管壁各层，累及周围的食管外组织，手术切除时很难将所有受侵犯的组织完整清除。
三、组织学形态
良性肿瘤：瘤细胞分化程度较好，形态和结构与正常组织相似。细胞形态较为规则，核分裂象少见，一般无或很少有病理性核分裂象。例如纤维瘤，瘤细胞分化成熟，与正常纤维细胞形态类似，排列也较有序。对于儿童的良性软组织肿瘤，如血管瘤，瘤组织中的血管内皮细胞等分化良好，形态接近正常血管内皮细胞。
恶性肿瘤：瘤细胞分化程度差，常有异型性。细胞形态不规则，大小不一致，核大、深染，核浆比例失调，核分裂象多见，且可见病理性核分裂象。比如腺癌，癌细胞形态异型性明显，排列紊乱。在肺癌的小细胞癌中，癌细胞呈小圆形或短梭形，核分裂象多见，细胞分化差，与正常肺组织细胞形态差异显著。
四、转移能力
良性肿瘤：一般不转移。肿瘤细胞局限在原发部位，不会跑到身体其他部位生根发芽形成新的肿瘤。例如皮肤的良性痣，不会转移到其他脏器形成转移瘤。对于儿童的良性颅内肿瘤，如脑膜瘤，通常不会发生转移。
恶性肿瘤：可发生转移。通过多种途径转移到身体其他部位，如淋巴道转移、血道转移、种植转移等。例如乳腺癌可通过淋巴道转移至腋窝淋巴结等，还可通过血道转移到肺、骨、肝等远处器官；胃癌可种植转移到腹腔盆腔等部位。
五、对机体影响
良性肿瘤：主要是局部压迫和阻塞作用，通常对机体影响较小，若生长在重要部位也可引起严重后果。比如长在颅内的良性肿瘤，如垂体腺瘤，若压迫垂体等结构，可引起内分泌紊乱等问题。对于儿童的良性甲状腺肿瘤，若较大压迫气管，会影响呼吸功能。一般经过适当治疗，预后较好。
恶性肿瘤：对机体影响较大，除了局部压迫和阻塞外，还会破坏组织、器官的结构和功能，引起坏死、出血、感染等，晚期常出现恶病质，患者消瘦、乏力、贫血等情况严重，甚至危及生命。例如晚期的恶性肿瘤患者，机体消耗极大，多器官功能衰竭，生存质量极差。
