男性尖锐湿疣在临床表现、实验室检查、传播途径上与其他疾病有区别。临床表现上，好发于外生殖器及肛周，皮疹为淡红等色、凹凸不平的乳头样等突起，与假性湿疣、扁平湿疣部位和形态不同；实验室检查中，HPV检测低危型阳性结合表现提示患病，组织病理有特定表现可与鲍温样丘疹病区分；传播途径主要是性接触，少数间接接触，与母婴传播的先天性梅毒等途径不同
一、临床表现区别
1.好发部位
男性尖锐湿疣：好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区。常见部位有冠状沟、龟头、包皮系带、尿道口、阴茎部、会阴等，同性恋者可发生于肛门及直肠。一般来说，不同部位的尖锐湿疣在外观上可能有一定差异，但基本形态相似。对于有多个性伴侣或性生活活跃的男性，更需关注这些部位的异常表现。
与其他疾病（如假性尖锐湿疣等）区别：假性尖锐湿疣主要发生于女性小阴唇内侧及阴道前庭，损害为直径1-2mm的淡红色小丘疹，表面光滑，群集但不融合，无自觉症状或有轻度瘙痒，与男性尖锐湿疣好发于外生殖器及肛周的部位明显不同。
2.皮疹形态
男性尖锐湿疣：初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。颜色可为淡红色、暗红色或污灰色。随着病情发展，皮疹可能会逐渐增大、增多，部分可融合成较大的团块。在性生活频繁、局部潮湿等因素影响下，皮疹生长速度可能会加快。
与扁平湿疣区别：扁平湿疣是二期梅毒的一种表现，为扁平的丘疹，表面糜烂潮湿，也可呈颗粒状或菜花状，暗视野显微镜检查可发现梅毒螺旋体，而男性尖锐湿疣通过HPV-DNA检测等可发现人乳头瘤病毒感染，这是两者在皮疹形态及致病因素上的重要区别。
二、实验室检查区别
1.HPV检测
男性尖锐湿疣：通过核酸杂交技术、PCR技术等检测人乳头瘤病毒（HPV）。HPV有多种亚型，低危型HPV如6型、11型等与尖锐湿疣关系密切。如果检测出低危型HPV阳性，结合典型临床表现，高度提示男性尖锐湿疣。对于男性患者，若有不洁性生活史等高危因素，HPV检测阳性对诊断尖锐湿疣有重要意义。
与其他疾病区别：例如珍珠状阴茎丘疹，一般HPV检测为阴性，可与男性尖锐湿疣通过HPV检测结果进行区分。珍珠状阴茎丘疹多见于20-40岁男性，损害为环绕阴茎冠状沟的珍珠状、白色、黄色或红色半透明丘疹，无自觉症状。
2.组织病理检查
男性尖锐湿疣：组织病理表现为表皮乳头瘤样增生，棘层肥厚，表皮突增粗延长，有角化不全、角化过度。棘层上部及颗粒层可见空泡细胞，这些空泡细胞较正常细胞大，胞浆着色淡，中央有大而圆的嗜碱性核。通过组织病理检查可以明确诊断男性尖锐湿疣，尤其是不典型的病例。
与鲍温样丘疹病区别：鲍温样丘疹病组织病理表现为表皮呈鲍温样改变，棘层肥厚，细胞排列紊乱，有异形细胞及核分裂象，但无尖锐湿疣的空泡细胞等典型表现，可通过组织病理检查进行区分。鲍温样丘疹病多发生于青壮年，损害为多发性扁平丘疹，呈褐红色或黑色，可融合。
三、传播途径区别
1.男性尖锐湿疣
主要通过性接触传播，这是最主要的传播途径。与患有尖锐湿疣的患者发生无保护的性行为，感染风险较高。男性若有多个性伴侣、性生活混乱等情况，感染尖锐湿疣的几率明显增加。此外，少数情况下可通过间接接触传播，如接触被污染的内裤、浴巾、浴盆等，但这种情况相对较少见。
与其他通过母婴传播疾病区别：例如先天性梅毒是通过母婴传播，胎儿在宫内或分娩过程中感染梅毒螺旋体，而男性尖锐湿疣主要通过性接触传播，传播途径明显不同。先天性梅毒患儿可出现皮肤黏膜损害、骨损害等多种表现，与男性尖锐湿疣的传播途径及临床表现均有很大差异。
