脑炎后遗症严重程度因人而异，与病情轻重、治疗时机、感染病原体相关，重症者可能遗留终身神经功能损伤。
轻症脑炎患者若及时规范治疗，多数可完全恢复，无明显后遗症；但重症患者（如病毒性脑炎、化脓性脑炎）因脑组织受病原体侵袭、炎症反应剧烈，可能损伤神经细胞，遗留多种后遗症。常见的有认知障碍（记忆力下降、智力减退）、运动功能障碍（肢体瘫痪、癫痫发作）、语言障碍（失语、言语不清）等，部分患者还会出现精神异常、情绪不稳，严重影响日常生活和社交能力，给家庭和社会带来沉重负担。
若出现发热、头痛、呕吐、意识模糊等疑似脑炎症状，需立即到神经内科或急诊科就诊，避免延误治疗。确诊后需严格遵医嘱足量足疗程治疗，病情稳定后尽早开展康复训练，有助于减轻后遗症影响。有后遗症的患者需定期复查，坚持长期干预，同时注重心理疏导，提高生活质量。
