有胎心胎芽仍可能胎停的原因，常见原因为胚胎自身染色体问题、父母染色体因素、母体黄体功能不全、自身免疫性疾病、子宫解剖结构异常等。
1.胚胎自身染色体问题
即使已经出现胎心胎芽，胚胎自身染色体异常仍可能导致胎停。研究表明，约50%-60%的早期自然流产是由于胚胎染色体异常引起，而这种异常可能在有胎心胎芽阶段依然存在并引发胎停。例如，三体综合征等染色体数目异常情况，会影响胚胎正常的生长发育进程，进而导致胎停发生。
2.父母染色体因素
父母双方的染色体如果存在异常，也可能传递给胚胎，影响胚胎发育。比如父亲或母亲携带平衡易位染色体等结构异常情况，即使胚胎形成了胎心胎芽，后续仍可能因为染色体遗传缺陷而出现胎停。
3.母体黄体功能不全
黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要。若母体黄体功能不全，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，即使有胎心胎芽，也可能引发胎停。有研究显示，黄体功能不全的孕妇发生胎停的风险较正常孕妇明显升高。
4.自身免疫性疾病
如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，母体的免疫系统会错误地攻击胚胎组织，影响胚胎的血供和正常发育，从而增加有胎心胎芽后胎停的风险。患者体内存在的自身抗体可能破坏胎盘的正常结构和功能，阻碍胚胎的营养供应和气体交换，最终导致胎停。
5.子宫解剖结构异常
如子宫畸形（单角子宫、双角子宫等）、子宫肌瘤（尤其是黏膜下子宫肌瘤）、宫腔粘连等，会影响子宫内环境，阻碍胚胎的正常着床和发育。例如，黏膜下子宫肌瘤会占据宫腔空间，影响胚胎的血供和生长空间，即使有胎心胎芽，也可能因局部血供不足等原因导致胎停。
此外，如果孕妇存在子宫内膜炎、子宫内膜过薄或过厚等病变，都不利于胚胎的种植和发育。子宫内膜过薄时，胚胎着床后缺乏足够的营养支持，有胎心胎芽后也容易发生胎停；子宫内膜炎会产生炎性介质，影响胚胎的生长环境，增加胎停风险。
