肾积水的病因包括先天性因素和后天性因素。先天性因素有肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管瓣膜、输尿管异位开口；后天性因素有泌尿系统结石、泌尿系统肿瘤、腹腔或盆腔疾病压迫、前列腺增生、输尿管炎性狭窄。
一、先天性因素
1.肾盂输尿管连接部狭窄
这是小儿肾积水最常见的先天性原因。胚胎发育过程中，肾盂输尿管连接部的肌层发育异常，导致该处狭窄，使尿液从肾盂流入输尿管受阻。例如，在胚胎早期，输尿管芽发育异常可能影响肾盂输尿管连接部的正常形成，这种情况在男性中的发生率相对较高，可能与胚胎发育过程中男性生殖系统和泌尿系统的相互关系有关，且这种先天性狭窄会随着患儿的生长发育逐渐影响尿液的正常引流，进而引起肾积水。
2.输尿管瓣膜
输尿管内存在先天性瓣膜样结构，会阻碍尿液的通畅排出。输尿管瓣膜的形成可能与胚胎时期输尿管黏膜的异常增生有关，它会使尿液通过输尿管时受到阻碍，导致近端输尿管扩张，进而引起肾积水。这种情况相对较为罕见，但也是先天性肾积水的一个原因。
3.输尿管异位开口
多见于女性婴儿，输尿管开口位置异常，不在正常的膀胱内开口，而是开口于尿道、阴道等其他部位，导致尿液不能正常排入膀胱，从而引起肾积水。这与胚胎时期输尿管芽的异常迁移有关，异位开口的输尿管会持续引流肾脏产生的尿液，由于引流路径异常，尿液无法顺利进入膀胱，长期可导致肾积水的发生。
二、后天性因素
1.泌尿系统结石
肾结石或输尿管结石是常见的引起肾积水的后天性原因。当结石在肾盂、输尿管内堵塞时，尿液的排出通路被阻断。例如，草酸钙结石、尿酸结石等在泌尿系统内移动过程中可能卡住，导致上方的肾盂和输尿管扩张积水。不同性别中，男性由于尿道较长且生理结构特点，输尿管结石的发生率相对稍高一些；在生活方式方面，长期饮水过少、高嘌呤饮食等人群更容易形成结石，从而增加肾积水的风险。有既往泌尿系统结石病史的人群复发结石的概率较高，也更易出现肾积水。
2.泌尿系统肿瘤
肾脏、输尿管、膀胱等部位的肿瘤都可能引起肾积水。例如，肾盂癌可导致肾盂内肿瘤生长，堵塞肾盂输尿管连接部；输尿管肿瘤会造成输尿管管腔狭窄或堵塞；膀胱肿瘤如果生长在输尿管开口附近，会影响输尿管口的正常开闭，导致尿液引流不畅。肿瘤的生长是渐进性的，随着肿瘤体积增大，对尿路的阻塞作用逐渐明显，从而引起肾积水。不同年龄段人群都可能发生泌尿系统肿瘤，但中老年人群相对更易患泌尿系统肿瘤，进而增加肾积水的风险。
3.腹腔或盆腔疾病压迫
如阑尾炎脓肿、盆腔肿瘤（如子宫肌瘤、卵巢肿瘤等）等可压迫输尿管，使输尿管管腔狭窄，尿液排出受阻。在女性中，盆腔器官较多，子宫肌瘤等盆腔肿瘤对输尿管的压迫相对更常见。生活方式方面，如果有腹部或盆腔手术史，可能会导致局部组织粘连，增加周围组织对输尿管压迫的可能性，有盆腔疾病病史的人群更易出现这种情况，从而引发肾积水。
4.前列腺增生
多见于中老年男性，前列腺增生会导致尿道狭窄，膀胱出口梗阻，尿液排出受阻，进而引起膀胱内尿液反流至输尿管，导致输尿管扩张积水，最终影响到肾脏，引起肾积水。随着年龄增长，男性前列腺增生的发生率逐渐升高，有前列腺增生病史的男性患者，若病情控制不佳，就容易出现肾积水的并发症。
5.输尿管炎性狭窄
泌尿系统感染（如肾盂肾炎、输尿管炎等）反复发作，可导致输尿管管壁纤维化、狭窄。例如，慢性肾盂肾炎长期不愈，炎症反复刺激输尿管，使输尿管管壁增厚、管腔狭窄，影响尿液的正常通过。有泌尿系统反复感染病史的人群，尤其是未得到规范治疗的患者，更容易出现输尿管炎性狭窄，进而引发肾积水。
