生化妊娠受多种因素影响，胚胎因素中染色体异常常见；母体因素包括子宫、内分泌、免疫、感染等方面异常会增加风险；其他因素里生活方式不健康及接触环境污染物等也与之相关。
染色体异常：这是导致生化妊娠最常见的原因之一。正常受孕时，精子和卵子结合形成受精卵，其染色体需处于正常状态才能顺利着床发育。若胚胎本身存在染色体数目或结构的异常，如染色体缺失、增多、易位等，会影响胚胎的正常发育，使得胚胎无法在子宫内成功着床，从而发生生化妊娠。例如，有研究表明，在早期自然流产的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，而生化妊娠中胚胎染色体异常的比例也较高。不同年龄阶段的人群中，胚胎染色体异常的发生率有所不同，一般随着女性年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，生化妊娠的发生风险也相应升高。
母体因素
子宫因素：子宫是胚胎着床和发育的场所。子宫内膜的厚度、容受性等会影响胚胎的着床。子宫内膜过薄或过厚都可能影响着床。例如，子宫内膜厚度低于7mm时，胚胎着床的成功率会降低，增加生化妊娠的发生风险。一些子宫疾病也会影响，如子宫内膜息肉、子宫肌瘤等，子宫内膜息肉可能会占据宫腔内的空间，影响胚胎的着床环境；黏膜下子宫肌瘤会改变子宫内膜的血流和局部微环境，不利于胚胎着床。不同生育史的女性，子宫因素导致生化妊娠的风险也不同，有过宫腔操作史（如人工流产、清宫术等）的女性，子宫受损的概率增加，子宫内膜恢复不佳，容易出现子宫内膜薄、宫腔粘连等问题，进而影响胚胎着床，导致生化妊娠。
内分泌因素：内分泌系统的平衡对胚胎着床至关重要。黄体功能不全是常见的影响因素之一，黄体分泌的孕激素不足会影响子宫内膜的转化，使得子宫内膜不能很好地为胚胎着床做准备。例如，黄体期孕激素水平低于正常范围，会导致子宫内膜分泌反应不良，胚胎难以着床。甲状腺功能异常也与生化妊娠相关，甲状腺激素参与身体的代谢调节，甲状腺功能减退时，会影响机体的新陈代谢和内分泌平衡，可能导致排卵异常、子宫内膜容受性降低等，增加生化妊娠的发生几率；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖内分泌的正常调控，影响胚胎着床。不同年龄的女性，内分泌系统的稳定性不同，年轻女性相对来说内分泌系统更易受外界因素影响，如生活不规律、压力大等可能导致内分泌短暂失调；而年龄较大的女性，自身内分泌功能逐渐衰退，出现内分泌异常的风险增加。
免疫因素：自身免疫异常可能导致生化妊娠。例如，抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起血管内皮细胞损伤，影响胎盘的血液循环，使得胚胎得不到充足的营养供应，从而影响着床和发育。同种免疫异常也可能参与其中，母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为外来异物进行攻击，导致胚胎着床失败。不同免疫状态的人群，免疫因素导致生化妊娠的风险不同，有自身免疫性疾病病史的女性，发生免疫异常的概率较高，更容易出现生化妊娠；有反复流产史的女性，免疫相关的问题可能更为突出，需要进行免疫方面的检查和评估。
感染因素：某些病原体感染也可能导致生化妊娠。例如，支原体、衣原体感染，这些病原体感染女性生殖道后，可能引起子宫内膜炎症，改变子宫内膜的环境，影响胚胎的着床。病毒感染如风疹病毒、巨细胞病毒等感染，也可能通过影响胚胎的发育过程，导致生化妊娠的发生。不同生活环境和卫生习惯的人群，感染的风险不同，性生活频繁、有多个性伴侣的女性，感染性传播疾病的概率增加；不注意个人卫生的女性，生殖道感染的风险也较高。
其他因素
生活方式因素：长期吸烟、酗酒会增加生化妊娠的风险。吸烟会影响血管的收缩和舒张，减少子宫胎盘的血流，同时烟草中的有害物质会损害卵子和精子的质量，影响胚胎的发育。酗酒会干扰内分泌系统，影响激素的正常分泌，进而影响胚胎着床。长期处于高压力状态下的女性，体内会分泌过多的皮质醇等应激激素，可能影响生殖内分泌功能，增加生化妊娠的发生几率。不同生活方式的人群，受生活方式因素影响导致生化妊娠的风险不同，经常熬夜、作息不规律的女性，内分泌紊乱的概率增加，更容易出现生化妊娠；而生活方式较为健康，作息规律、不吸烟不酗酒的女性，相对来说生化妊娠的发生风险较低。
环境因素：长期接触某些化学物质、放射性物质等环境污染物也可能导致生化妊娠。例如，长期接触苯、甲醛等化学物质，会对生殖系统产生不良影响，损害卵子和精子的质量，影响胚胎的着床和发育。不同工作环境的人群，接触环境污染物的风险不同，从事化工、油漆等行业的女性，接触有害化学物质的机会较多，生化妊娠的发生风险相对较高；而在相对清洁环境中工作的人群，接触有害物质的概率较低。
