灌肠对子宫内膜异位症有一定治疗效果，但多作为辅助手段，需结合病情综合评估后使用。
其作用机制在于通过直肠给药，使药物直接作用于盆腔病灶，减少口服药物对胃肠道的刺激，同时维持局部较高药物浓度。中药灌肠方剂多含清热解毒、活血化瘀成分，可缓解盆腔粘连、减轻淤血，对缩小盆腔包块、缓解痛经等症状有一定帮助。部分研究显示，复方中药灌肠液可通过调节局部免疫、抑制异位内膜细胞增殖，降低炎症因子水平，从而改善局部微环境。
然而，灌肠治疗无法完全消除异位内膜组织，对严重病例或合并并发症者效果有限。其疗效受患者年龄、病情严重程度、激素水平等因素影响，需在专业医生指导下规范操作，避免损伤直肠黏膜。对于病灶严重的患者，仍需以手术治疗为主。
