闭经可由多种原因引起，包括下丘脑性闭经（精神应激、体重下降和神经性厌食、运动性闭经、药物、颅咽管瘤等导致）、垂体性闭经（垂体梗死、垂体肿瘤、空蝶鞍综合征等导致）、卵巢性闭经（卵巢早衰、卵巢功能性肿瘤、多囊卵巢综合征等导致）、子宫性闭经（Asherman综合征、子宫内膜炎、子宫切除后或宫腔放射治疗后等导致）及其他内分泌异常（甲状腺功能减退、肾上腺功能亢进等导致）。
体重下降和神经性厌食：中枢神经系统对体重急剧下降极为敏感，过度节食致体重急剧下降，可引起下丘脑功能紊乱而出现闭经。这类情况在青春期女性或追求身材极致消瘦的人群中较易发生，体重过低会影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素等调节生殖的激素。
运动性闭经：长期剧烈运动如长跑等，也可出现闭经，与机体能量消耗过多，下丘脑分泌GnRH受影响有关。运动员群体中较为常见，高强度运动导致体内脂肪含量过低，影响激素正常分泌。
药物：长期应用某些药物可出现闭经及异常乳汁分泌，如吩噻嗪及其衍生物（氯丙嗪）、利血平等，其机制是药物抑制下丘脑多巴胺的分泌，使垂体催乳素释放抑制因子减少，从而催乳素分泌增加，抑制下丘脑GnRH的分泌。
颅咽管瘤：是常见的下丘脑肿瘤，瘤体增大压迫下丘脑和垂体柄时，可引起闭经、生殖器官萎缩、肥胖、颅内压增高、视力障碍等症状。
垂体性闭经
垂体梗死：常见的为希恩综合征，由于产后大出血休克，导致垂体尤其是腺垂体促性腺激素分泌细胞缺血坏死，引起腺垂体功能低下而出现一系列症状，包括闭经、无乳、性欲减退、毛发脱落等，多发生于有产后大出血病史的女性。
垂体肿瘤：垂体催乳素瘤是最常见的垂体肿瘤，可出现闭经-溢乳综合征，除闭经外，还可伴有溢乳，肿瘤增大压迫周围组织可引起头痛、视力减退等症状；其他垂体肿瘤如促甲状腺激素瘤、促肾上腺皮质激素瘤等也可能影响激素分泌导致闭经。
空蝶鞍综合征：因蝶鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔流入蝶鞍的垂体窝，使蝶鞍扩大，垂体受压缩小，可引起高催乳素血症和闭经，部分患者有头痛、视力障碍等表现。
卵巢性闭经
卵巢早衰：女性40岁前由于卵巢内卵泡耗竭或被破坏，或自身免疫性疾病等导致卵巢功能衰竭，出现闭经、围绝经期症状，如潮热、盗汗、阴道干涩等，常伴有促性腺激素升高，雌激素水平降低，常见于有自身免疫性疾病家族史或曾接受过放疗、化疗等的女性。
卵巢功能性肿瘤：如睾丸母细胞瘤、卵巢门细胞瘤等，可分泌雄激素，抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能而引起闭经；卵巢颗粒-卵泡膜细胞瘤可分泌雌激素，导致子宫内膜增生过长，随后出现闭经，这类肿瘤多发生于育龄女性。
多囊卵巢综合征：以高雄激素血症、排卵功能障碍、卵巢多囊改变为特征，表现为闭经、多毛、肥胖、不孕等，是育龄女性常见的内分泌紊乱性疾病，与遗传因素和环境因素共同作用有关，患者体内雄激素水平升高，促性腺激素比例失调。
子宫性闭经
Asherman综合征：是子宫性闭经最常见的原因，多因人工流产刮宫过度或产后、流产后出血刮宫损伤子宫内膜，导致宫腔粘连而闭经。常见于有宫腔操作史的女性，如多次人工流产后，子宫内膜基底层受损，纤维组织增生，宫腔部分或完全粘连，引起月经减少或闭经。
子宫内膜炎：结核性子宫内膜炎是最常见的特异性子宫内膜炎，结核杆菌破坏子宫内膜，形成瘢痕组织导致闭经；其他病原菌感染如葡萄球菌、链球菌等引起的子宫内膜炎，严重时也可导致宫腔粘连而闭经，多发生于有宫腔感染病史的女性。
子宫切除后或宫腔放射治疗后：子宫切除术后或因某些子宫疾病进行宫腔放射治疗后，子宫内膜被破坏或粘连，可出现闭经，这类情况多见于因妇科疾病接受子宫切除或宫腔放疗的女性。
其他内分泌异常
甲状腺功能减退：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，可影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致闭经，同时可伴有畏寒、乏力、黏液性水肿等表现，常见于甲状腺疾病患者。
肾上腺功能亢进：肾上腺分泌过多雄激素，可引起闭经、多毛、肥胖等症状，如先天性肾上腺皮质增生症、肾上腺肿瘤等，多发生于有肾上腺疾病的人群。
