尖锐湿疣与多种疾病存在区别，比如与假性湿疣的区别、与生殖器疱疹的区别、与扁平湿疣的区别等。
1.与假性湿疣的区别
假性湿疣多见于女性小阴唇内侧，表现为均匀分布的淡红色小丘疹，表面光滑、无自觉症状，无传染性，多与局部炎症、分泌物刺激相关；尖锐湿疣可发生于生殖器、肛周等部位，丘疹呈菜花状、乳头状，表面粗糙，伴瘙痒或灼痛，具有强传染性，由HPV病毒感染引起。
2.与生殖器疱疹的区别
生殖器疱疹表现为簇集性小水疱，易破溃形成糜烂或溃疡，伴明显疼痛，反复发作，由单纯疱疹病毒（HSV）感染导致；尖锐湿疣以疣状增生物为主要表现，无水疱、溃疡，疼痛不明显，病程较长，由HPV病毒（6、11型等）感染引发。
3.与扁平湿疣的区别
扁平湿疣是二期梅毒的表现，多见于肛周、外阴，为扁平湿润的丘疹或斑块，表面光滑，可融合，伴梅毒血清学检查阳性，由梅毒螺旋体感染引起；尖锐湿疣血清学检查HPV阳性，梅毒指标阴性，皮疹形态以疣状增生为主。
