闭经的原因包括内分泌系统相关原因，如下丘脑性闭经（由精神应激、体重下降和神经性厌食、运动性闭经、药物性闭经等引起）、垂体性闭经（如垂体肿瘤、空蝶鞍综合征导致）、卵巢性闭经（卵巢早衰、卵巢功能性肿瘤所致）、子宫性闭经（Asherman综合征是主要原因）以及其他内分泌功能异常（甲状腺、肾上腺功能异常可引发闭经）。
精神应激：突然或长期的精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度劳累、情感变化、寒冷等，可通过下丘脑影响垂体，进而影响卵巢，导致闭经。例如长期处于高强度学习压力下的青春期女性，可能出现下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，引发闭经。这是因为精神应激会使下丘脑分泌促肾上腺皮质激素释放激素增多，进而抑制促性腺激素释放激素的分泌，最终影响卵巢功能。
体重下降和神经性厌食：青春期女性若过度节食减肥等导致体重急剧下降，体脂过少会影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，从而使垂体分泌促性腺激素减少，引发闭经。神经性厌食患者除了闭经外，还常伴有消瘦、低体重、皮肤干燥等表现，这是由于机体处于营养不良状态，下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能受到严重影响。
运动性闭经：长期剧烈运动，如专业运动员，由于机体能量消耗过多，下丘脑分泌促性腺激素释放激素受抑制，可引起闭经。运动强度和频率过高时，会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常调节机制，导致激素分泌失衡，出现闭经情况。
药物性闭经：长期应用某些药物可引起闭经，一般在停药后月经可恢复。常见的药物如抗精神病药物、避孕药等，抗精神病药物可能通过影响多巴胺代谢等途径干扰下丘脑-垂体功能，避孕药则是通过抑制下丘脑-垂体轴的功能来达到避孕目的，长期使用可能导致闭经。
垂体性闭经：
垂体肿瘤：最常见的是泌乳素瘤，垂体泌乳素瘤可分泌大量泌乳素，抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素，同时抑制垂体分泌促性腺激素，从而导致闭经、溢乳等症状。青春期女性患垂体泌乳素瘤时，除了闭经外，还可能出现乳房溢乳等表现，通过垂体磁共振成像等检查可明确诊断。
空蝶鞍综合征：因蝶鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔进入垂体窝，使垂体受压而导致闭经。患者可能出现头痛、视力障碍等表现，通过影像学检查可发现空蝶鞍的情况。
卵巢性闭经
卵巢早衰：女性在40岁以前出现卵巢功能衰竭称为卵巢早衰。主要原因是遗传因素、自身免疫性疾病、医源性损伤（如放疗、化疗）等。卵巢早衰时，卵巢分泌的雌激素和孕激素减少，反馈性地使下丘脑-垂体分泌促性腺激素增多，表现为高促性腺激素性闭经。青春期女性若发生卵巢早衰，会出现第二性征发育落后、闭经等表现，激素检查可发现促卵泡生成素、促黄体生成素明显升高，雌激素水平降低。
卵巢功能性肿瘤：如卵巢支持-间质细胞瘤等，可分泌雄激素，抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能，导致闭经。这类肿瘤通过妇科检查、B超等可发现卵巢占位性病变，进一步通过病理检查可明确诊断。
子宫性闭经
Asherman综合征：是子宫性闭经最常见的原因，多因人工流产刮宫过度或产后、流产后出血刮宫损伤子宫内膜，导致宫腔粘连而闭经。青春期女性若有宫腔操作史，且出现闭经，应考虑Asherman综合征的可能。根据宫腔粘连的程度不同，闭经的表现也有所差异，轻度粘连可能仅有月经量减少，重度粘连则可出现闭经。通过宫腔镜检查可明确诊断宫腔粘连的情况。
其他内分泌功能异常
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退时，甲状腺素分泌减少，可影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致闭经。甲状腺功能亢进时，甲状腺素分泌过多，也可能引起月经紊乱甚至闭经。通过甲状腺功能检查可发现甲状腺激素水平的异常，如甲状腺功能减退时促甲状腺激素升高，甲状腺素降低；甲状腺功能亢进时促甲状腺激素降低，甲状腺素升高。
肾上腺功能异常：肾上腺分泌过多雄激素，可导致闭经、多毛、肥胖等表现，常见于先天性肾上腺皮质增生、肾上腺肿瘤等疾病。通过肾上腺功能检查及相关影像学检查可明确病因。
