闭经的原因可分为下丘脑性闭经、垂体性闭经、卵巢性闭经、子宫性闭经及其他内分泌功能异常。下丘脑性闭经由精神应激、体重下降和神经性厌食、运动性闭经、药物、颅咽管瘤等引起；垂体性闭经包括垂体梗死（如希恩综合征）、垂体肿瘤（如泌乳素瘤、生长激素瘤）、空蝶鞍综合征；卵巢性闭经有卵巢早衰、卵巢功能性肿瘤、多囊卵巢综合征；子宫性闭经常见Asherman综合征、子宫内膜炎、子宫切除后或宫腔放射治疗后；其他内分泌功能异常如甲状腺功能减退、肾上腺功能亢进可导致闭经。
体重下降和神经性厌食：中枢神经系统对体重急剧下降极为敏感，过度节食、运动量过大等导致体重过低，机体脂肪含量过少，影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而引发闭经。神经性厌食患者常因严重的营养不良，出现下丘脑-垂体-性腺轴功能紊乱，导致闭经。
运动性闭经：长期剧烈运动，如长跑运动员等，可抑制下丘脑功能，影响促性腺激素释放激素分泌，引起闭经。运动引起的内源性阿片肽分泌增加，可能是抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素的机制之一。
药物：长期应用某些药物可导致闭经，一般在停药后可逐渐恢复。常见的药物如抗精神病药、抗抑郁药、避孕药等。例如，长期服用含孕激素的避孕药，可能通过负反馈抑制下丘脑-垂体轴，引起闭经。
颅咽管瘤：是一种生长在垂体柄附近的下丘脑良性肿瘤，肿瘤压迫下丘脑，影响促性腺激素释放激素的分泌，导致闭经，还可伴有头痛、视力减退、视野缺损等表现。
垂体性闭经
垂体梗死：常见的为希恩综合征，由于产后大出血、休克，导致垂体缺血坏死，尤其是腺垂体破坏较明显，促性腺激素分泌显著减少，引起闭经，还可伴有促甲状腺激素、促肾上腺皮质激素分泌不足的表现，如畏寒、乏力、低血压等。
垂体肿瘤：垂体腺瘤是常见的垂体肿瘤，不同类型的垂体腺瘤表现不同。例如，泌乳素瘤是最常见的垂体肿瘤，主要表现为闭经-溢乳综合征，患者出现闭经，同时伴有乳汁分泌。生长激素瘤可导致肢端肥大症，同时可伴有月经紊乱、闭经。
空蝶鞍综合征：因鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔流入蝶鞍，使蝶鞍扩大，垂体受压而引起闭经，部分患者可伴有头痛、视力障碍等。
卵巢性闭经
卵巢早衰：女性40岁前由于卵巢内卵泡耗竭或被破坏，或发生卵泡功能失调，导致卵巢功能衰竭，出现闭经，常伴有围绝经期症状，如潮热、盗汗、阴道干涩等，血清促性腺激素水平升高，雌激素水平降低。
卵巢功能性肿瘤：如睾丸母细胞瘤、支持-间质细胞瘤等，肿瘤分泌雄激素，抑制下丘脑-垂体-性腺轴功能，导致闭经，同时可出现男性化表现，如多毛、声音低沉、痤疮等。
多囊卵巢综合征：以持续无排卵、雄激素过多和胰岛素抵抗为特征，患者表现为月经稀发或闭经、多毛、肥胖、不孕等，血清雄激素水平升高，促黄体生成素/促卵泡生成素比值增大。
子宫性闭经
Asherman综合征：是子宫性闭经最常见的原因，多因人工流产刮宫过度或产后、流产后出血刮宫损伤子宫内膜，导致宫腔粘连而闭经。患者有刮宫史，随后出现闭经，可伴有周期性下腹痛。
子宫内膜炎：结核性子宫内膜炎是导致子宫性闭经的重要原因，结核杆菌破坏子宫内膜，形成瘢痕组织，影响子宫内膜的周期性变化，导致闭经。其他特异性或非特异性子宫内膜炎，如细菌感染等，严重时也可引起闭经。
子宫切除后或宫腔放射治疗后：子宫切除术后，如为单纯子宫切除，保留卵巢，一般不影响月经，但如果同时切除卵巢，可导致闭经；宫腔放射治疗后，可破坏子宫内膜，引起闭经。
其他内分泌功能异常
甲状腺功能减退：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，影响下丘脑-垂体-甲状腺轴及下丘脑-垂体-性腺轴功能，导致闭经，常伴有畏寒、乏力、黏液性水肿等表现，血清甲状腺激素水平降低，促甲状腺激素水平升高。
肾上腺功能亢进：肾上腺分泌过多雄激素，可抑制下丘脑-垂体-性腺轴功能，导致闭经，还可出现多毛、痤疮、肥胖等男性化表现，如先天性肾上腺皮质增生症、肾上腺肿瘤等。
