阴茎发育不良在多数情况下可以治疗，但治疗效果因个体差异、病因及治疗时机而异。
若阴茎发育不良由内分泌系统异常引起，如睾酮水平低下，通过补充促性腺激素、睾酮等药物，在青春期前或早期治疗，可能促进阴茎发育，部分患者阴茎长度和周径可得到一定程度的增长。对于阴茎短小但海绵体发育正常的患者，阴茎延长术通过切断悬韧带延长体外部分，可改善外观；阴茎增粗术如自体脂肪移植等，能增加阴茎周径。
然而，若阴茎发育不良与遗传因素如基因突变或染色体异常有关，治疗难度较大，效果可能有限，因为这些因素与个体遗传背景紧密相关，且成年后阴茎发育基本完成。
此外，心理治疗对缓解患者因阴茎发育不良带来的自卑、焦虑等情绪至关重要。患者应尽早咨询专业医生，进行全面评估，根据病因、年龄、症状严重程度等因素，选择合适的治疗方案。
