中药治疗肛瘘的方法为中药坐浴、中药敷药、中药内服。
1.中药坐浴
可选用清热解毒、消肿止痛的中药方剂进行坐浴。例如，常用的有苦参汤加减等。苦参具有清热燥湿、杀虫利尿的作用，现代研究表明苦参中的苦参碱等成分具有一定的抗炎、抗菌作用。通过坐浴，药液可直接作用于肛瘘局部，促进血液循环，减轻炎症水肿，缓解疼痛等症状。
2.中药敷药
可将具有消肿、生肌等作用的中药制成药膏或药散敷于肛瘘创面。例如，一些含有血竭、乳香、没药等成分的中药制剂，血竭具有散瘀定痛、止血生肌的功效，乳香、没药能活血行气止痛、消肿生肌。敷药可以使药物持续作用于病灶局部，促进肛瘘创面的愈合。
3.中药内服
湿热下注证表现为肛周肿痛，肛周有溃口，脓液稠厚，色黄，肛门坠胀，可伴有发热、口苦、口干等症状。治疗以清热利湿为主，方剂常选用萆薢渗湿汤加减。正虚邪恋证多见于肛瘘反复发作，经久不愈的患者，表现为肛周溃口，脓水稀薄，疮口不愈，伴有神疲乏力、面色无华等症状。治疗以扶正祛邪为主，方剂常选用托里消毒散加减。
