巧克力囊肿并无最佳治疗方法，常见治疗方法包括药物治疗、手术治疗、辅助生殖技术等。
1.药物治疗
适用于症状较轻、囊肿较小或暂无生育需求者。口服短效避孕药（如屈螺酮炔雌醇片）可抑制排卵，减少异位内膜出血，延缓囊肿生长；孕激素类药物（如地屈孕酮）能抑制异位内膜增生；促性腺激素释放激素激动剂（如、醋酸曲普瑞林）可暂时停经，使异位内膜萎缩。这些药物应严格遵医嘱使用。
2.手术治疗
囊肿较大（直径≥5cm）、症状严重或药物治疗无效者需手术。年轻有生育需求者可行腹腔镜下囊肿剥除术，保留卵巢功能；无生育需求、症状严重或合并其他妇科问题者，可考虑一侧卵巢切除术或全子宫+双侧附件切除术，彻底清除病灶。
3.辅助生殖技术
针对合并不孕的患者，在手术或药物治疗改善盆腔环境后，可通过试管婴儿等辅助生殖技术提高受孕成功率，避免囊肿复发对生育的影响。
